结论：协议中执行标的物已经消失，并不直接导致协议失效，但可能构成合同履行不能，进而影响协议的继续履行或导致协议解除。具体是否失效需结合协议内容、法律规定及实际情况综合判断。
分析说明：
合同履行不能与协议失效的关系：
- 当协议中的执行标的物消失，且该标的物是协议履行所必需的，那么可能构成合同履行不能。合同履行不能是指由于某种原因，合同的一方或双方无法按照合同约定履行其义务。
- 合同履行不能并不直接等同于协议失效。协议失效通常指的是协议因某种原因（如违反法律、行政法规的强制性规定，或存在欺诈、胁迫等情形）而自始无效或被撤销。
- 在执行标的物消失的情况下，如果协议本身没有违反法律、行政法规的强制性规定，且双方当事人在签订协议时均无过错，那么协议本身并不因此失效。但可能因履行不能而需要解除或变更。
合同履行不能的法律后果：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因不可抗力致使不能实现合同目的，当事人可以解除合同。如果执行标的物的消失是由于不可抗力（如自然灾害、政府行为等）导致的，且该不可抗力是导致合同目的无法实现的原因，那么双方当事人可以协商解除合同。
- 如果执行标的物的消失并非由于不可抗力，而是由于一方当事人的过错（如故意毁损、保管不善等）导致的，那么过错方可能需要承担违约责任，包括赔偿对方因此遭受的损失。
- 在某些情况下，即使执行标的物消失，如果双方当事人能够协商找到替代的履行方式或达成其他补偿协议，那么协议仍然可以继续履行或以其他方式得到解决。
协议失效的其他情形：
- 除了合同履行不能外，协议还可能因其他原因而失效。例如，协议内容违反法律、行政法规的强制性规定；协议是以欺诈、胁迫的手段订立的，且损害了国家利益；协议双方恶意串通，损害了国家、集体或第三人的利益等。
- 在这些情况下，协议自始无效或被撤销，双方当事人需要承担相应的法律责任。
法律建议：
- 如果您面临协议中执行标的物消失的情况，首先建议仔细审查协议内容，了解双方的权利和义务。
- 其次，分析执行标的物消失的原因，判断是否构成不可抗力或一方当事人的过错。
- 然后，根据实际情况与对方当事人协商解决方案，如解除合同、变更合同内容或寻求其他补偿方式。
- 如果协商无果，您可以考虑通过法律途径解决争议，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
后续行动：
- 在处理此类问题时，建议您保留好与协议相关的所有证据材料，如协议文本、履行过程中的相关凭证、执行标的物消失的相关证明等。
- 如有需要，您可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。