结论：建设单位扣除承包人工程款偿还贷款，银行是否担责，需根据具体情况分析，一般而言银行不直接担责，但特定情形下可能承担一定责任。以下从不同角度详细分析：
一、银行一般不担责的情形
合同相对性原则：
- 建设单位与银行之间的贷款合同，以及建设单位与承包人之间的建设工程合同，是两个独立的法律关系。根据合同相对性原则，银行作为贷款合同的债权人，其权利义务仅限于与建设单位之间的约定，无权直接扣除承包人的工程款。
- 例子：若建设单位与银行签订的贷款合同中，并未约定银行有权直接扣除承包人的工程款作为还款，那么银行擅自扣除的行为就缺乏合同依据，但这一行为主要影响的是建设单位与承包人之间的关系，而非银行与承包人之间的直接法律关系。在此情况下，银行通常不因扣除行为本身对承包人承担责任，但建设单位可能因违约对承包人承担责任。
银行无直接过错：
- 若银行在贷款发放、监管及回收过程中，严格遵守了相关法律法规及贷款合同的约定，未实施任何违法或违约行为，那么即使建设单位擅自扣除承包人工程款用于偿还贷款，银行也不应因此承担责任。
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，银行在贷款业务中应履行审慎经营义务，但这一义务主要针对的是贷款发放前的审查、贷款发放后的监管等，并不直接涉及对建设单位与承包人之间工程款支付的干预。
二、银行可能担责的情形
银行与建设单位恶意串通：
- 若银行与建设单位恶意串通，共同实施了扣除承包人工程款用于偿还贷款的行为，且该行为损害了承包人的合法权益，那么银行可能因共同侵权而对承包人承担责任。
- 法律解释：根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十八条：“二人以上共同实施侵权行为，造成他人损害的，应当承担连带责任。”在此情况下，银行与建设单位作为共同侵权人，应对承包人承担连带赔偿责任。
银行违反监管义务：
- 若银行在贷款发放后，未履行对贷款资金使用的监管义务，导致建设单位将贷款资金用于非约定用途（如擅自扣除承包人工程款），且银行对此存在过错（如未及时发现并制止），那么银行可能因违反监管义务而对承包人承担一定的赔偿责任。
- 法律背景：虽然银行对贷款资金的使用不享有直接的控制权，但根据贷款合同的约定及相关法律法规的规定，银行仍负有对贷款资金使用情况进行监管的义务。若银行未履行这一义务，导致贷款资金被滥用并损害了第三方（如承包人）的合法权益，银行可能需承担相应的法律责任。
三、法律建议
对于承包人：
- 若发现建设单位擅自扣除工程款用于偿还贷款，应及时与建设单位沟通协商，要求其返还被扣除的工程款。
- 若协商无果，可依据建设工程合同及相关法律法规的规定，向建设单位提起诉讼或申请仲裁，要求其承担违约责任并赔偿损失。
- 若怀疑银行与建设单位存在恶意串通或银行违反监管义务的情形，可收集相关证据并向银行或监管部门投诉举报。
对于银行：
- 在贷款发放及回收过程中，应严格遵守相关法律法规及贷款合同的约定，履行审慎经营义务及监管义务。
- 若发现建设单位存在擅自扣除承包人工程款等违法或违约行为，应及时采取措施制止并报告监管部门。
- 在与建设单位签订贷款合同时，可明确约定贷款资金的使用范围及监管措施，以降低法律风险。
如有更多细节或疑问，欢迎直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。