结论：政府投资建设项目由个人垫资在一般情况下是不合法的，但在特定模式如PPP项目中，符合相关法律、法规和政策要求的资金投入不属于垫资概念，具有合法性。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律法规的明确规定
《政府投资条例》：该条例明确规定，政府投资项目不得由施工单位垫资建设。这一规定旨在规范政府投资行为，防范财政金融风险，确保项目资金落实到位，从而保障施工单位的合法权益。
《保障中小企业款项支付条例》：此条例进一步规定，机关、事业单位从中小企业采购货物、工程、服务时，应在约定时间内支付款项，最长不得超过60日。若要求施工单位垫资，将依法追究相关责任。这一规定同样体现了对施工单位资金安全的保护，防止因垫资导致的财务风险。
二、垫资施工的风险与危害
对施工单位的风险：垫资施工意味着施工单位需承担巨大的资金压力和风险。一旦项目出现资金短缺或无法按时完工等问题，施工单位将面临垫资款项无法及时收回、经济损失巨大等困境。同时，垫资施工还可能导致工程质量下降、工期延误等问题，进而影响施工单位的声誉和后续业务的发展。
对社会稳定的影响：垫资施工容易引发拖欠工程款、农民工工资等问题，这些问题可能进一步引发社会矛盾和不稳定因素。政府加强监管和执法力度，禁止垫资施工，也是为了维护社会稳定和保障施工单位的合法权益。
三、特定模式下的合法性
在采用特许经营等合法合规模式实施的政府工程中，如PPP（政府和社会资本合作）项目，投资方基于项目合同约定投入资金进行项目建设、运营，并通过项目后期的收益实现回报。这种模式下的资金投入不属于通常意义上的垫资，而是合法的投资行为。因此，在特定模式下，政府投资建设项目由个人或企业投入资金是合法的。
四、实际操作中的建议
严格遵守法律法规：施工单位应严格遵守相关法律法规和政策规定，不得擅自垫资施工。在承接政府投资项目时，应仔细审查项目资金是否已落实到位，避免陷入垫资风险。
谨慎评估项目风险：对于政府投资项目，施工单位应谨慎评估项目风险，包括资金风险、工期风险、质量风险等。在签订合同时，应明确约定付款方式、付款时间等关键条款，以保障自身权益。
加强沟通与协调：在项目实施过程中，施工单位应与政府相关部门保持密切沟通与协调，及时了解项目进展情况和资金支付情况。如遇问题或困难，应及时向政府相关部门反映并寻求解决方案。
作为专业律师，我建议施工单位在承接政府投资项目时务必谨慎行事，严格遵守相关法律法规和政策规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。