建设部（现住房和城乡建设部）的规定并未全面禁止施工方垫资，施工方垫资在符合一定条件下是合法的。以下从多个角度为您详细分析：
一、垫资施工的合法性基础
合同约定：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，只要发包人与承包人在合同中明确约定了垫资事项及其利息（若有利息约定），并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么垫资施工就是合法有效的。这意味着，双方自愿且约定明确的垫资行为是受到法律保护的。
原建设部规定的历史背景：虽然原建设部曾发文禁止建筑施工企业带资、垫资承包工程，但这些规定主要是从行政管理的角度出发，旨在规范建筑市场秩序，防止不正当竞争和工程质量问题。然而，这些规定并未直接否定垫资行为的合法性，而是强调了垫资行为应当遵循自愿、公平、诚实信用的原则。随着建筑市场的发展和法律法规的完善，垫资施工在符合一定条件下已被法律所认可。
二、垫资施工的合法性条件
双方自愿：垫资行为必须基于发包方和承包方的自愿协商，任何一方不得强迫另一方进行垫资。这是垫资行为合法性的前提条件。
约定明确：垫资的具体数额、期限、利息等关键条款应当在合同中明确约定。这有助于避免后续产生纠纷，并确保双方权益得到保障。
不违反法律法规强制性规定：垫资行为不得违反国家法律法规的强制性规定，如不得利用垫资进行非法集资、洗钱等违法活动。这是垫资行为合法性的底线要求。
三、垫资施工的风险与防范
尽管垫资施工在符合一定条件下是合法的，但仍然存在诸多风险。例如，资金回收困难、利息损失、工程质量问题等。为了防范这些风险，双方应当采取以下措施：
加强合同管理：签订详细、明确的合同，对垫资的相关条款进行细致约定。这有助于确保双方权益得到保障，并在发生纠纷时提供有力的法律支持。
完善担保机制：要求发包方提供有效的担保措施，如抵押、质押或第三方保证等。这可以降低资金回收风险，确保承包方在发包方违约时能够及时获得赔偿。
强化资金监管：建立严格的资金监管制度，确保垫资资金专款专用。这可以避免资金被挪用或滥用，保障工程的顺利进行和资金的合理使用。
四、特殊情况下的垫资限制
对于政府投资项目，相关部门出台了规范性文件对施工单位垫资承包进行了限制。这类项目通常禁止施工单位带资承包，以防止出现财政风险和拖欠工程款等不良后果。因此，在政府投资项目中，施工单位应特别注意遵守相关规定，避免违规垫资行为带来的法律风险。
总结与建议：
垫资施工在符合一定条件下是合法的，但双方应当谨慎对待垫资行为，充分评估风险并采取有效措施加以防范和应对。在实际操作中，建议施工单位在垫资前咨询专业律师（即我本人）的意见，以确保自身权益得到妥善保护并避免潜在的法律风险。如果您有具体的垫资施工问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。