工程发包人明知他人是借用资质的，将面临多重法律后果，具体如下：
一、民事法律后果
合同效力问题：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条，无资质的实际施工人借用有资质企业名义签订的施工合同无效。这意味着，如果发包人明知承包人借用资质仍与其签订合同，该合同自始无效，双方无法依据合同条款主张权利或履行义务。
工程款结算与赔偿：
- 若工程经验收合格，实际施工人（即借用资质方）虽可请求参照合同约定折价补偿，但这一请求权的基础并非合同有效，而是基于公平原则和实际投入。
- 若工程质量不合格且无法修复，实际施工人可能无法获得工程款，甚至需承担修复费用或赔偿损失。
- 发包人因借用资质行为遭受损失的，可要求承包人（出借资质方）与实际施工人承担连带赔偿责任。
连带责任风险：
- 出借资质方与借用资质方需对因该工程产生的债务等问题承担连带责任，包括但不限于拖欠农民工工资、材料供应商货款等。这意味着，发包人有权向任一方或双方追偿全部损失。
二、行政法律后果
对出借资质企业的处罚：
- 根据《中华人民共和国建筑法》第六十六条，出借资质证书的企业将面临责令改正、没收违法所得、罚款、停业整顿、降低资质等级乃至吊销资质证书的处罚。这些处罚措施将严重影响企业的正常经营和声誉。
对借用资质方的处罚：
- 借用资质的个人也将受到行政处罚，包括责令停止违法行为、罚款等。此外，认定有挂靠行为的个人还可能被禁止担任项目负责人，吊销执业资格证书，并在一定期限内不予注册。
三、刑事法律后果
工程重大安全事故罪：
- 若因借用资质导致工程质量下降，进而引发重大安全事故，相关责任人员可能触犯工程重大安全事故罪。根据《中华人民共和国刑法》第一百三十七条，直接责任人员可能面临五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；后果特别严重的，将处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
行贿罪、受贿罪：
- 在借用资质过程中，若存在行贿、受贿行为，将依据《中华人民共和国刑法》追究刑事责任。行贿罪和受贿罪的刑罚根据情节轻重而定，可能包括有期徒刑、拘役、罚金等。
其他罪名：
- 如借用资质行为构成诈骗罪、非法经营罪等其他犯罪，相关责任人也将面临相应的刑事追究。
四、风险防范与建议
严格审查承包方资质：
- 发包人在选择承包方时，应严格审查其资质证书、业绩记录等材料，确保其具备完成工程的能力和条件。避免与借用资质或资质不符的承包方签订合同。
加强合同管理：
- 在合同中明确约定双方的权利义务、违约责任等条款，特别是关于工程质量、安全、工期等方面的要求。同时，可约定因借用资质等违法行为导致合同无效或产生损失时的赔偿责任和赔偿方式。
及时咨询法律专业人士：
- 对于已涉及借用资质行为或有疑问的情况，发包人应及时咨询法律专业人士，了解法律风险和应对策略。避免因不了解法律而陷入被动局面。
总结来说，工程发包人明知他人是借用资质的，将面临合同无效、民事赔偿、行政处罚乃至刑事责任等多重法律后果。因此，发包人在选择承包方时应严格审查其资质情况，加强合同管理，并在必要时及时咨询法律专业人士以规避风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。