行政单位在行政协议发包施工引起的纠纷中，是否承担赔偿责任，需根据具体情况分析，主要取决于行政单位是否存在过错以及过错与损害结果之间的因果关系。以下从不同角度进行详细分析：
一、行政单位存在过错的情况
行政协议签订过程中的过错：
- 如果行政单位在签订行政协议时，未尽到审慎审查义务，例如未对施工单位的资质、信誉等进行充分调查，导致选择了不具备相应能力的施工单位，从而引发施工纠纷，行政单位可能因过错承担相应的赔偿责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同订立和履行的相关规定，行政单位作为合同一方，应履行诚实信用原则，尽到合理的审查义务。若因未履行该义务导致损害，应承担相应责任。
行政协议履行过程中的过错：
- 在施工过程中，如果行政单位未按照行政协议的约定履行监督、管理职责，例如未及时发现并纠正施工单位的违规行为，导致施工纠纷扩大或造成损害，行政单位同样可能因过错承担赔偿责任。
- 法律依据：行政单位在行政协议中通常承担一定的监督、管理职责。若因未履行该职责导致损害，根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，行政单位应承担相应的赔偿责任。
二、行政单位不存在过错的情况
施工单位自身原因导致的纠纷：
- 如果施工纠纷完全是由于施工单位自身的原因造成的，例如施工单位违反施工规范、操作不当等，且行政单位在签订和履行行政协议过程中均无过错，那么行政单位通常不承担赔偿责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，损害结果应由过错方承担。若行政单位无过错，则不承担赔偿责任。
不可抗力因素导致的纠纷：
- 如果施工纠纷是由于不可抗力因素（如自然灾害、政府行为等）导致的，且行政单位在签订和履行行政协议过程中均已尽到合理义务，那么行政单位也不承担赔偿责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于不可抗力的规定，因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。
三、特殊情况下的赔偿责任
行政单位与施工单位共同过错：
- 如果施工纠纷是由于行政单位和施工单位共同过错导致的，那么行政单位和施工单位应根据各自的过错程度承担相应的赔偿责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于共同侵权的规定，二人以上共同实施侵权行为，造成他人损害的，应当承担连带责任。但在此情况下，可根据各自过错程度确定责任份额。
行政单位违法发包导致的纠纷：
- 如果行政单位在发包过程中存在违法行为（如未依法进行招标、将工程发包给不具备相应资质的单位等），导致施工纠纷并造成损害，行政单位应承担相应的赔偿责任，且可能面临行政处罚。
- 法律依据：根据《中华人民共和国招标投标法》、《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规的规定，行政单位在发包过程中应遵守法定程序和要求。若因违法发包导致损害，应承担相应的法律责任。
建议：在处理行政协议发包施工引起的纠纷时，建议首先明确纠纷的具体原因和责任归属。如果认为行政单位存在过错并应承担赔偿责任，可以收集相关证据（如行政协议、施工记录、监督报告等）并通过法律途径维护自身权益。同时，也可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。