施工合同无效时，已扣减的罚款通常也是无效的，但存在特殊情况。以下从不同角度为您详细分析：
一、通常情况：罚款条款随合同无效而无效
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。施工合同无效，意味着整个合同自始没有法律约束力，其中的罚款条款作为合同的一部分，也会因合同无效而失去效力。这是因为合同无效是基于合同存在违法或其他导致无效的情形，合同整体都不符合法律规定的有效要件，其中的罚款条款自然不能单独生效。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份施工合同，其中约定了若乙方施工不符合标准，甲方有权扣除一定比例的工程款作为罚款。后因合同存在违法情形被认定无效，那么该罚款条款也随之无效，甲方无权依据该条款扣除乙方的工程款。
二、特殊情况：罚款条款可能被认定为有效
虽然合同无效时罚款条款通常也无效，但如果罚款条款属于独立于合同的解决争议的约定，比如约定在合同无效后一方需向另一方支付一定款项以解决纠纷，这种情况下该约定可能会被认定为有效。这是因为它并非基于合同的主给付义务等产生，而是专门针对合同无效后的善后处理。
举例说明：甲乙双方在施工合同中约定，若合同因某种原因无效，乙方需向甲方支付一定金额作为补偿。后合同确实被认定无效，但该补偿条款因独立于合同主给付义务，且旨在解决合同无效后的善后问题，故可能被认定为有效。
三、已扣减罚款的处理建议
协商解决：若施工合同无效后，一方已依据无效的罚款条款扣减了另一方的款项，双方可以首先尝试通过协商解决，看是否能够达成一致意见，如返还部分或全部扣减的款项。
诉讼解决：若协商无果，另一方可以通过诉讼等方式，由法院根据具体情况判断该罚款条款是否有效，以及双方是否存在其他应承担责任的情形。法院会综合考虑合同无效的原因、双方的过错程度、实际损失等因素，来判定已扣减的罚款是否应当返还或部分返还。
法律后果提示：若一方无故依据无效的罚款条款扣减另一方的款项，且无法通过协商或诉讼解决，那么扣减方可能面临被要求返还扣减款项、赔偿损失等法律后果。
综上所述，施工合同无效时，已扣减的罚款通常也是无效的，但存在特殊情况。若遇到此类问题，建议您根据实际情况选择合适的解决方式，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。