工程保证金不予退还的六种常见情况如下：

1. 承包方违约导致合同解除
   若承包方在合同履行过程中存在严重违约行为（如工程质量不达标、工期严重延误、擅自转包等），导致发包方依据合同约定或法律规定解除合同，此时发包方有权不予退还保证金。例如，合同明确约定“工期延误超过30日，保证金不予退还”，若承包方实际延误45日，则发包方可据此扣留保证金。

2. 承包方未履行修复义务
   工程竣工后，若承包方未按合同约定或法律规定对质量问题进行修复，发包方有权自行修复并从保证金中扣除费用。若保证金不足以覆盖修复成本，发包方不仅可不予退还剩余保证金，还可要求承包方补足差额。例如，工程存在裂缝需返工，承包方拒绝修复，发包方委托第三方修复花费10万元，而保证金仅5万元，则5万元保证金可全部扣留。

3. 承包方未结清农民工工资或材料款
   若承包方拖欠农民工工资或供应商材料款，导致发包方被追索或承担连带责任，发包方有权从保证金中优先支付相关费用。例如，承包方未支付农民工工资20万元，发包方垫付后，可直接从保证金中扣除该款项，若保证金不足，则剩余部分仍需由承包方承担。

4. 承包方未提交完整竣工资料
   合同通常约定承包方需在工程竣工后提交完整竣工资料（如施工图纸、验收报告等），若承包方未履行该义务，发包方有权暂扣保证金直至资料补齐。例如，承包方仅提交部分资料，导致工程无法通过备案，发包方可据此拒绝退还保证金。

5. 承包方未配合审计或结算
   若合同约定工程结算需经第三方审计，而承包方拒绝配合审计或提供虚假资料，导致结算无法完成，发包方有权暂扣保证金。例如，承包方故意隐瞒工程量，导致审计结果与实际不符，发包方可要求重新审计并扣留保证金直至问题解决。

6. 合同明确约定其他不予退还情形
   除法定情形外，双方可在合同中约定其他保证金扣留条件（如“承包方未参加工程例会超过3次，保证金扣10%”）。此类约定需符合《民法典》第143条（民事法律行为有效条件），即不违反法律、行政法规强制性规定，不违背公序良俗。若约定合法有效，则发包方可依据合同扣留保证金。

法律建议：

• 对发包方而言，应在合同中明确保证金扣留的具体情形、比例及程序，避免因条款模糊引发纠纷。
  
• 对承包方而言，需严格履行合同义务，及时修复质量问题、提交资料、配合结算，并保留相关证据（如签收单、沟通记录等），以应对可能的保证金扣留争议。
  

若涉及保证金纠纷，建议根据具体案情收集证据（如合同、违约证明、修复费用单据等），并咨询专业律师分析诉讼风险及策略。