关于挂靠工程施工后与自然人之间合伙协议的效力性问题，结论如下：

1. 合伙协议可能因违反法律强制性规定而无效

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。在挂靠工程施工的情境中，若挂靠行为本身违反了建筑法等相关法律法规的强制性规定（如未取得相应资质而挂靠施工），那么基于该挂靠行为所签订的合伙协议，可能因违法而无效。
   • 具体分析：挂靠施工通常涉及无资质或低资质企业或个人通过挂靠有资质的企业来承接工程，这种行为扰乱了建筑市场的秩序，损害了其他合法经营者的利益。因此，如果合伙协议的核心内容或目的就是围绕这种违法的挂靠行为展开，那么该协议很可能被认定为无效。

2. 合伙协议若未直接涉及挂靠违法内容，可能有效

   • 法律依据：同样根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为只要满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定等条件，即为有效。
   • 具体分析：如果合伙协议的内容并未直接涉及挂靠施工的违法方面，而是聚焦于工程的管理、利润分配、风险承担等合法事项，且协议双方均具备相应的民事行为能力，意思表示真实，那么该协议在形式上可能是有效的。但需要注意的是，如果协议的执行过程中涉及到了违法的挂靠行为，那么协议的实际效力可能会受到影响。

3. 合伙协议效力受多种因素影响，需具体分析

   • 影响因素：除了上述的违法性因素外，合伙协议的效力还可能受到协议内容是否明确、双方权利义务是否对等、是否存在欺诈或胁迫等情形的影响。
   • 具体分析：在判断合伙协议的效力时，需要综合考虑各种因素。例如，如果协议内容模糊不清，导致双方对权利义务的理解存在分歧，那么可能会影响协议的执行力；如果一方在签订协议时存在欺诈或胁迫行为，那么另一方有权请求撤销该协议。

法律建议：

• 在签订合伙协议前，务必对挂靠施工的合法性进行充分评估，避免因为违法而导致的协议无效风险。
• 合伙协议的内容应尽可能明确、具体，明确双方的权利义务、利润分配方式、风险承担机制等关键条款。
• 如果对合伙协议的效力存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律意见。

可能法律后果：

• 如果合伙协议被认定为无效，那么双方基于该协议所取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
• 如果合伙协议有效但执行过程中出现争议，双方可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决争议，这可能会耗费双方大量的时间、精力和金钱。