两个自然人之间签订的建设工程合同是无效的。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

法律解释

根据《建筑法》第二十六条的规定，承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。这一条款明确规定了承包建筑工程的主体资格要求，即必须是持有资质证书的单位，而自然人并不具备这样的法定资格。

理由分析

1. 主体资格不符：自然人无法获得承包建筑工程所需的资质证书，因此不具备作为建设工程承包方的主体资格。
2. 法律明确规定：法律明确规定只有获得相应资质认证的法人组织才能承揽工程，自然人签订的工程合同因此被判定为无效。
3. 保护市场秩序：这一规定也是为了维护建筑市场的秩序，确保工程项目的质量和安全，防止因不具备资质的个人承揽工程而引发的风险和问题。

实际案例

在实际操作中，如果两个自然人之间签订了建设工程合同，并且因此发生纠纷，法院在审理时会依据上述法律规定，认定该合同无效。这意味着，合同双方无法依据该合同主张权利或承担义务，而需要根据实际情况和法律规定来处理纠纷。

法律建议

1. 避免签订无效合同：在涉及建设工程的事务时，应确保与具备相应资质的单位签订合同，以避免合同无效带来的法律风险。
2. 咨询专业人士：如有任何关于建设工程合同的疑问或需要签订相关合同，建议咨询专业律师或相关机构，以确保合同的合法性和有效性。

综上所述，两个自然人之间签订的建设工程合同是无效的，这一结论基于法律的明确规定和主体资格的不符。在实际操作中，应严格遵守法律规定，避免签订无效合同，并咨询专业人士以确保合同的合法性和有效性。