两个自然人合作进行一个工程施工建设，在法律上通常会被认定为合伙关系或个人合伙关系。以下是对此问题的详细分析：
一、合伙关系的认定
合伙定义：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合伙是两个以上公民按照协议，各自提供资金、实物、技术等，合伙经营、共同劳动。在工程施工建设的情境中，两个自然人共同出资、共同参与施工管理，符合合伙的基本特征。
合伙协议：
- 虽然法律并未强制要求合伙必须签订书面协议，但签订书面合伙协议可以明确双方的权利义务，减少纠纷。协议中应包含出资方式、利润分配、亏损承担、合伙期限等关键条款。
合伙责任：
- 合伙人对合伙债务承担连带责任。这意味着，如果工程施工过程中产生债务或纠纷，两个自然人需要共同承担责任，债权人可以向其中任何一人或两人同时主张权利。
二、个人合伙与工程承包的区别
个人合伙：
- 如前所述，个人合伙是两个以上公民共同出资、共同经营、共享收益、共担风险的经济组织形式。在工程施工中，个人合伙通常不涉及复杂的资质要求，但可能面临工程质量、安全等方面的监管。
工程承包：
- 工程承包通常指具有相应资质的企业或个人通过投标、协商等方式承包工程建设项目。与个人合伙相比，工程承包更注重承包方的资质、信誉和履约能力。如果两个自然人没有相应的施工资质，而以个人名义承包工程，可能面临法律风险和行政处罚。
三、法律建议
签订书面合伙协议：
- 为了明确双方的权利义务，减少纠纷，建议两个自然人在合作前签订书面合伙协议。协议中应详细规定出资方式、利润分配、亏损承担、合伙期限、解散与清算等条款。
了解并遵守相关法律法规：
- 在进行工程施工建设时，应了解并遵守相关的建筑法规、安全法规等。确保施工过程符合法律法规要求，避免因违规操作而引发的法律风险。
考虑资质问题：
- 如果两个自然人没有相应的施工资质，而计划承包较大规模的工程项目，建议考虑与具有资质的企业合作或通过其他合法途径获取资质。以避免因资质不足而引发的法律风险和行政处罚。
及时咨询专业律师：
- 在合作过程中遇到任何法律问题或纠纷时，应及时咨询专业律师以获取法律建议和帮助。律师可以根据具体情况提供针对性的法律解决方案，保护当事人的合法权益。
如有任何关于建设工程领域的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。