结论前置：在老板查出员工一个月贪污两千多的证据后，建议采取以下步骤来处理这一问题，包括内部调查、证据固定、考虑法律后果、内部处理以及可能的法律行动。

1. 内部调查与证据固定：

   • 首先，应确保所掌握的证据是充分且确凿的。这可能包括财务记录、监控录像、交易凭证、证人证言等。证据的收集应遵循合法、合规的原则，避免侵犯他人隐私或违反其他法律法规。
   • 对证据进行整理和分析，以确认贪污行为的具体情况，包括贪污的金额、时间、方式等。

2. 考虑法律后果：

   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，贪污行为可能构成贪污罪，具体取决于贪污的金额、情节以及行为人的身份等因素。虽然一个月贪污两千多元可能尚未达到刑事立案的标准（具体标准可能因地区和具体案情而异，且会随时间调整，需参考最新的司法解释），但这一行为仍然违反了公司的规章制度和职业道德，应受到相应的处罚。
   • 即便不构成刑事犯罪，贪污行为也可能涉及民事赔偿问题，即员工可能需要赔偿公司因其贪污行为所遭受的损失。

3. 内部处理：

   • 根据公司的规章制度和劳动合同，对涉事员工进行相应的内部处理。这可能包括警告、罚款、降职、解雇等。
   • 在处理过程中，应确保程序的公正性和透明性，避免侵犯员工的合法权益。同时，也应考虑对其他员工的警示作用，以维护公司的良好风气和秩序。

4. 法律行动（如适用）：

   • 如果贪污行为情节严重，且证据确凿，公司可以考虑向公安机关报案，要求追究涉事员工的刑事责任。但在此之前，应确保所有证据都经过合法、合规的收集和整理，以避免因证据问题而影响案件的进展。
   • 如果贪污行为导致公司遭受了经济损失，公司还可以考虑通过民事诉讼的方式要求涉事员工进行赔偿。

5. 预防措施：

   • 此次事件后，公司应加强对财务管理的监督和审计，确保类似事件不再发生。
   • 可以考虑加强员工的职业道德教育和法律培训，提高员工的法律意识和道德水平。

额外建议：在处理此类事件时，公司应保持冷静和理性，避免因情绪化而做出过激或违法的行为。同时，也应积极与涉事员工进行沟通，了解其动机和背景，以便更好地解决问题并预防类似事件的发生。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律指导。