结论：集体土地上的房子仅有不动产登记证书，并不一定完全算作合法房屋，其合法性还需结合其他因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、不动产登记证书的作用
不动产登记证书是房屋产权的重要证明文件，它记录了房屋的基本信息、产权归属等关键内容。在一般情况下，拥有合法有效的不动产登记证书，可以视为房屋产权的一种法律确认。然而，对于集体土地上的房屋，其合法性并不仅仅取决于不动产登记证书。
二、集体土地上房屋的合法性判断
土地性质与规划：
- 集体土地上的房屋，其合法性首先取决于土地的性质和规划。如果房屋所占用的土地是集体建设用地，且符合当地的土地利用总体规划和城乡规划，那么该房屋在土地使用上是合法的。
- 如果房屋所占用的土地是农用地（如耕地、林地等），或者未按照规划用途使用土地，那么即使拥有不动产登记证书，该房屋也可能因土地使用违法而不被认定为合法房屋。
建设审批手续：
- 除了土地性质和规划外，集体土地上的房屋还需要办理相应的建设审批手续。这包括但不限于建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工许可证等。
- 如果房屋在建设过程中未办理这些审批手续，或者审批手续不齐全、存在违规情况，那么该房屋可能因建设违法而不被认定为合法房屋。
不动产登记证书的合法性：
- 不动产登记证书本身也需要是合法有效的。如果证书是通过非法手段获取的，或者证书内容存在错误、遗漏等情况，那么该证书可能无法作为房屋合法性的有效证明。
三、特殊情况下的合法性认定
- 在某些特殊情况下，即使房屋未完全符合上述条件，也可能被认定为合法房屋。例如，在历史遗留问题中，一些房屋可能因历史原因而未办理完整的审批手续或登记证书，但根据当地政策或法律规定，这些房屋可能被视为合法房屋。
- 此外，如果房屋因政府征收、拆迁等原因而面临补偿问题，其合法性认定可能还会涉及更多的法律程序和规定。
四、法律建议
- 核实土地性质和规划：在购买或拥有集体土地上的房屋时，应首先核实土地的性质和规划用途，确保房屋所占用的土地是合法的集体建设用地，并符合当地的土地利用总体规划和城乡规划。
- 办理建设审批手续：如果房屋尚未办理建设审批手续，应尽快补办相关手续，确保房屋的建设合法合规。
- 核实不动产登记证书：应仔细核实不动产登记证书的内容，确保其真实、准确、完整。如果发现证书存在问题或疑虑，应及时向相关部门咨询或申请更正。
如有更多关于集体土地上房屋合法性的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。