公司要求员工周六周日上班，周一周二休假是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于公司的工作时间安排是否符合国家法律法规的规定，以及是否经过合法的程序进行设定。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
符合法律规定的工作时间制度：
- 我国实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若公司实行标准工时制，即每周工作五天，每天工作时长不超过8小时，且通过周六周日上班、周一周二休假的方式，确保周总工作时长不超过40小时（实践中普遍遵循的标准），则这种安排是合法的。例如，劳动合同或公司工作制度中明确规定周六周日为工作日，周一周二为休息日，每天工作8小时，这完全符合法律对于工作时间的要求。
经过合法程序的特殊工时制：
- 企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，如不定时工作制和综合计算工时工作制。
- 对于实行综合计算工时工作制的企业，只要在一个综合计算周期内的总实际工作时间不超过总法定标准工作时间，即便周六周日安排工作也是合法的。例如，某企业经批准实行以季度为周期的综合计算工时工作制，只要确保季度内总工时不超标，周六周日安排工作即属合法。
- 实行不定时工作制的员工，其工作时间不受标准工作时间的限制。企业在保障员工身体健康并充分听取员工意见的基础上，可灵活安排周六周日工作，通常也是合法的。
不合法情形
违反标准工时且未支付加班费：
- 若公司实行标准工时制，但要求员工周六周日上班导致超时工作（即每日超过8小时或每周超过44小时），且未按照法律规定支付加班费，则这种要求是不合法的。法律规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。若公司未遵守此规定，则构成违法。
未履行审批程序实行特殊工时制：
- 若企业未经劳动行政部门批准，擅自实行不定时工作制或综合计算工时工作制，并以此为由要求员工周六周日上班，则这种要求同样是不合法的。企业必须按照法定程序申请并获得批准后，才能改变工时制度。
劳动合同或工作制度未明确规定：
- 如劳动合同或公司工作制度中未明确规定周六周日为工作日，或明确规定了周六周日可以休息但公司却强制要求上班，且未提供合理的解释或补偿措施，则这种要求也可能被视为不合法。员工在此情况下有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
实际操作与建议
- 劳动者应明确自身权益：了解并熟悉《中华人民共和国劳动法》的相关规定，确保自己的休息权利和加班费支付得到保障。
- 积极沟通协商：与公司就工作时间和调休安排进行积极沟通，确保双方达成一致意见。若公司安排不合理，可提出异议并寻求合理解决方案。
- 保留证据维权：如遇公司违反劳动法规定，劳动者应保留相关证据（如工作记录、加班通知、工资条等），以便通过协商、投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式维护自身合法权益。
综上所述，公司要求员工周六周日上班，周一周二休假是否合法，需根据具体情况进行判断。劳动者在面临此类问题时，应仔细审查自己的劳动合同和公司工作制度，并了解相关法律法规的规定，以确保自身权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。