结论：在撰写赔偿协议时，若店铺有两个老板但法人只有一个，建议将实际参与经营管理的所有老板（即实际责任人）均列为协议签订方，以确保协议的全面性和有效性。若仅从法律形式上考虑，法人作为店铺的法定代表，也可以单独作为协议签订方，但可能存在实际责任承担上的风险。

分析说明：

1. 实际责任人角度：

   • 在店铺经营中，若两个老板均实际参与经营管理，那么他们均对店铺的债务和责任负有承担义务。因此，在撰写赔偿协议时，将两个老板均列为协议签订方，可以确保协议的全面性和有效性，避免后续因责任承担问题产生纠纷。
   • 若仅将法人列为协议签订方，而另一个实际参与经营管理的老板未被列入，那么在实际执行过程中，若法人无法承担全部赔偿责任，另一个老板可能会以未参与协议签订为由拒绝承担责任，从而给赔偿方带来损失。

2. 法律形式角度：

   • 法人作为店铺的法定代表，具有代表店铺签署协议的法律资格。因此，从法律形式上讲，法人可以单独作为赔偿协议的签订方。
   • 但需要注意的是，法人作为签订方仅代表其个人或店铺的法律身份，并不直接等同于实际责任人的身份。若店铺存在多个实际责任人，仅将法人列为签订方可能无法全面覆盖所有责任主体。

特殊场景：

• 若两个老板之间存在明确的责任划分协议，且该协议得到赔偿方的认可，那么可以根据责任划分协议来确定赔偿协议的签订方。例如，若协议中明确约定由法人承担全部赔偿责任，那么可以仅将法人列为赔偿协议的签订方。
• 若另一个老板虽然未实际参与经营管理，但愿意作为担保人或共同债务人加入赔偿协议，那么也可以将其列为协议签订方之一，以增加赔偿的保障性。

行动建议：

• 在撰写赔偿协议前，建议先明确店铺的实际经营管理情况和责任承担方式，以便确定合适的协议签订方。
• 若无法确定实际责任人或存在责任划分争议，建议咨询专业律师或法律机构进行协助处理，以确保协议的合法性和有效性。
• 在协议签订过程中，务必确保所有签订方均具备完全民事行为能力，并明确了解协议的内容和后果，以避免后续因协议签订问题产生纠纷。