结论：软件收集用户手机文件导致公司秘密泄露的责任归属，需根据具体情况判断，可能涉及软件开发者、使用者（员工或公司）以及公司内部管理等多方面的责任。以下从不同角度进行分析：
一、软件开发者可能承担的责任
侵权责任：
- 如果软件开发者在开发过程中存在过错，如未采取必要的安全措施、未明确告知用户软件会收集哪些文件以及收集的目的等，导致用户手机中的公司秘密被泄露，那么软件开发者可能构成对用户隐私权或公司商业秘密的侵权，需承担相应的侵权责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于隐私权和个人信息保护的规定，以及《中华人民共和国反不正当竞争法》中关于商业秘密保护的规定，软件开发者若违反这些规定，需承担法律责任。
违约责任：
- 如果软件开发者与用户之间存在软件使用协议，且协议中明确规定了软件开发者对用户数据的保护义务，而软件开发者未履行这些义务导致公司秘密泄露，那么软件开发者还可能构成违约，需承担违约责任。
二、软件使用者（员工或公司）可能承担的责任
员工责任：
- 如果员工在使用软件过程中，未经公司允许擅自将含有公司秘密的文件存储在手机中，并被软件收集导致泄露，那么员工可能因违反公司保密规定或劳动合同中的保密条款而承担责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》中关于保密义务的规定，以及公司内部的保密制度，员工若违反这些规定，公司有权要求其承担相应的法律责任。
公司责任：
- 如果公司作为软件的使用者，未对员工进行必要的培训和教育，导致员工在使用软件过程中不慎泄露公司秘密，或者公司未采取有效的技术措施和管理措施来保护公司秘密，那么公司也可能因管理不善而承担一定的责任。
- 法律依据：公司需根据《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国安全生产法》（若涉及安全生产领域的信息泄露）等相关法律法规，以及公司内部的保密管理制度，来评估其是否尽到了应有的管理责任。
三、公司内部管理可能存在的问题及责任
保密制度不完善：
- 如果公司内部保密制度不完善，缺乏对员工使用软件的明确规定和监管措施，导致员工在使用软件过程中容易泄露公司秘密，那么公司需承担制度不完善的责任。
技术措施不到位：
- 如果公司未采取有效的技术措施来保护公司秘密，如未对员工手机进行加密处理、未安装防病毒软件等，导致软件能够轻易收集并泄露公司秘密，那么公司也需承担技术措施不到位的责任。
四、建议与措施
加强软件开发者监管：
- 公司应选择信誉良好、技术实力强的软件开发者合作，并在合同中明确规定软件开发者对用户数据的保护义务和违约责任。
完善公司内部保密制度：
- 公司应制定完善的保密制度，明确员工在使用软件过程中的保密义务和违规责任，并加强对员工的培训和教育。
采取有效的技术措施：
- 公司应采取有效的技术措施来保护公司秘密，如对员工手机进行加密处理、安装防病毒软件、限制软件访问权限等。
及时应对泄露事件：
- 一旦发生公司秘密泄露事件，公司应立即采取措施阻止泄露的进一步扩大，并调查泄露原因和责任归属，依法追究相关责任人的法律责任。
总结：软件收集用户手机文件导致公司秘密泄露的责任归属需根据具体情况判断。公司应加强与软件开发者的合作监管、完善内部保密制度、采取有效的技术措施，并及时应对泄露事件以降低损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。