将招标代理费转嫁施工班组属于违法行为，具体处理方式需结合实际情况分析，以下分情况说明：

1. 违法性分析
   根据《中华人民共和国招标投标法》第五条及《招标代理服务收费管理暂行办法》相关规定，招标代理费应由招标人（建设单位）承担，属于招标活动的法定成本。若招标人通过合同条款或补充协议将该费用转嫁给施工班组，实质上构成对施工班组应得工程款的非法扣减，违反了《民法典》中关于合同公平原则及《保障农民工工资支付条例》中关于工程款专款专用的强制性规定。

2. 法律后果与处理方式

   • 若转嫁行为发生在招标阶段：
     施工班组可依据《招标投标法实施条例》第二十七条，向行政监督部门（如住建部门）投诉，要求认定招标文件违法并责令改正。行政监督部门可对招标人处以警告、罚款（1万元以下），并责令限期退还非法转嫁的费用。
     
   • 若转嫁行为已通过合同固定：
     施工班组可依据《民法典》第一百五十三条，主张该条款因违反法律强制性规定而无效，并要求招标人返还被扣费用。若涉及农民工工资，还可依据《保障农民工工资支付条例》第三十条，要求总承包单位先行清偿，再向招标人追偿。
     
   • 若转嫁行为涉及串通投标：
     若招标人与施工班组通过转嫁费用掩盖低价中标、围标串标等违法行为，可能触犯《刑法》第二百二十三条，构成串通投标罪，需承担刑事责任。

3. 实务建议

   • 对施工班组：
     
     1. 保留招标文件、合同、付款凭证等证据；
        
     2. 优先通过行政投诉解决（成本低、效率高）；
        
     3. 若行政途径无果，可向法院提起民事诉讼，主张合同条款无效并要求返还费用。
        
   • 对招标人：
     
     1. 立即停止转嫁行为，主动与施工班组协商退还费用；
        
     2. 完善内部合规流程，确保招标代理费纳入项目预算；
        
     3. 若已引发纠纷，建议委托律师评估风险，避免行政处罚或刑事责任。

如需进一步分析具体合同条款或证据材料，可直接向我提供详细信息，我将结合《招标投标法》《民法典》及地方性法规给出针对性建议。