企业因高铁经过导致厂房受损严重，可通过以下方式保护自身权益：

1. 及时固定证据

   • 现场取证：立即对厂房受损部位、周边环境（如高铁施工痕迹、振动监测数据）进行拍照、录像，保留原始状态证据。
     
   • 书面记录：详细记录受损时间、范围、程度，并要求高铁建设方或施工方签字确认；若对方拒绝，可邀请第三方（如村委会、居委会）见证并签字。
     
   • 专业评估：委托有资质的鉴定机构（如房屋安全鉴定中心、资产评估公司）对厂房结构安全、设备损坏、停产损失等进行评估，出具书面报告。
     

2. 明确责任主体

   • 查清建设方：通过高铁项目的公示信息、施工合同等，确定建设单位（如铁路局、地方轨道交通公司）或总承包方。
     
   • 区分责任类型：
     
     • 若因施工振动、爆破等直接导致厂房损坏，属于侵权责任，可依据《民法典》第1165条要求赔偿；
       
     • 若因高铁规划导致厂房需拆迁，属于行政征收，需依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》主张补偿。
       

3. 协商与投诉

   • 优先协商：向建设方或施工方提交书面索赔函，附上证据材料，明确赔偿金额（包括修复费用、停产损失、设备重置费等）及期限。
     
   • 行政投诉：若协商无果，可向当地铁路监管部门（如国家铁路局地区监督管理局）、住建部门或自然资源部门投诉，要求介入调查并协调赔偿。
     

4. 法律途径

   • 提起民事诉讼：若责任明确但对方拒赔，可向法院起诉建设方或施工方，主张侵权赔偿或合同违约赔偿（如有相关协议）。
     
   • 申请先予执行：若厂房急需修复且企业资金紧张，可向法院申请先予执行，要求对方先行支付部分赔偿款用于修复。
     
   • 注意诉讼时效：侵权赔偿的诉讼时效为3年，自知道或应当知道权益受损之日起计算，需及时起诉。
     

5. 预防性措施

   • 未来规划：若厂房位于高铁规划沿线，可提前与政府部门沟通，了解征收或补偿政策，避免再次受损。
     
   • 保险理赔：若企业投保了财产险或工程险，可向保险公司报案，按合同约定申请理赔。
     

提示：整个过程中需保留所有沟通记录、证据材料，并避免自行拆除或修复厂房（可能破坏证据）。若对责任认定或赔偿金额有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体证据和法律条款为您分析。