当建筑工程合同条款对同一问题存在两种规定时，首先应明确这属于合同条款冲突的情形，需通过法律规则和合同解释方法来确定适用条款，具体处理方式如下：

1. 优先适用特别条款或后订条款
   根据《民法典》第466条及合同解释规则，若两种规定属于“一般条款”与“特别条款”的关系（如总则与分则、通用条款与专用条款），应优先适用特别条款；若条款为同一层级但订立时间不同，后订条款通常视为对前款的修改，优先适用后订条款。例如，合同总则约定“工期延误每日赔偿1%”，但分则中针对某分项工程约定“工期延误每日赔偿0.5%”，此时应适用分则的特别规定。

2. 通过合同目的解释确定适用条款
   若条款冲突无法通过层级或时间区分，需结合合同目的、行业惯例及双方真实意图解释。例如，合同中既约定“按实际工程量结算”，又约定“总价包干”，此时需审查招标文件、谈判记录等证据，判断双方是意图固定总价还是允许调整。若证据显示双方曾就工程量变更达成一致，则“按实际工程量结算”更符合合同目的。

3. 依据公平原则或诚信原则调整
   若两种规定均显失公平或导致合同无法履行（如一方条款极端苛刻、另一方条款极端宽松），法院或仲裁机构可能依据《民法典》第6条（公平原则）、第7条（诚信原则）调整条款。例如，合同中既约定“承包人承担所有材料价格波动风险”，又约定“发包人可随时调整材料品牌”，此时后者可能因违反诚信原则被部分无效。

4. 协商补充或解除合同
   若冲突无法通过解释或调整解决，双方可协商补充协议明确条款；若协商不成且冲突导致合同目的无法实现，任何一方可依据《民法典》第563条主张解除合同，并要求赔偿损失。例如，合同中既约定“承包人负责办理施工许可证”，又约定“发包人负责办理所有审批手续”，导致双方推诿，此时可协商明确责任方或解除合同。

建议行动步骤：

1. 立即固定合同文本、谈判记录、往来函件等证据，分析条款冲突的具体表现；
   
2. 结合合同目的、行业惯例初步判断适用条款，并评估对方可能的主张；
   
3. 若自行协商无果，可委托律师发送律师函明确立场，或直接提起诉讼/仲裁解决争议。
   

如有具体合同条款或争议细节，可进一步向我提供，我会结合案例和司法实践为您详细分析。