关于您提出的“大学院校不保留毕业生的三方协议是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，需要明确的是，教育部并未明确规定大学院校必须保留毕业生的三方协议。三方协议，即毕业生、用人单位和学校三方共同签署的就业协议书，主要是为了明确毕业生在就业过程中的权利和义务，以及学校在就业推荐和派遣过程中的责任。它并非法律强制要求必须签署或保留的文件，而是基于就业市场和学校管理的需要而存在的一种协议形式。

其次，从教育部的相关文件来看，如《教育部办公厅关于切实做好全国普通高校毕业生离校阶段就业管理和服务工作的通知》(教学厅[2011]7号)，其中主要强调的是高校在就业管理和服务过程中的规范行为，如“四不准”原则：不准以各种方式强迫毕业生签订就业协议和劳动合同；不准将毕业证书、学位证书发放与毕业生签约挂钩；不准以户档托管为由劝说毕业生签订虚假就业协议；不准将毕业生顶岗实习、见习证明材料作为就业证明材料。这些规定并未涉及学校是否必须保留毕业生的三方协议。

再者，从实际操作的角度来看，学校保留毕业生的三方协议可能出于多种考虑，如便于统计就业率、为学生提供就业证明等。然而，这并不意味着学校有法律义务必须保留这些协议。如果学校选择不保留，毕业生可以自行妥善保管自己的三方协议，以备未来需要时使用。

最后，需要强调的是，无论学校是否保留毕业生的三方协议，都不应影响毕业生的合法权益和就业机会。毕业生在就业过程中应充分了解自己的权利和义务，与用人单位和学校进行充分沟通，确保自己的权益得到保障。

综上所述，大学院校不保留毕业生的三方协议并不违反相关法律法规或教育部的规定。学校可以根据自身的管理需要和实际情况来决定是否保留这些协议。如果您对此仍有疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。