在民事案件审理过程中，若被告已履行完毕相关义务，法院的判决方式需结合具体履行情况及案件阶段综合判断，具体如下：

1. 若被告在法庭辩论终结前履行完毕
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，法院可依据原告的诉讼请求是否得到实际满足作出两种处理：

   • 若原告当庭撤诉：法院经审查符合撤诉条件（如不损害国家、集体或第三人利益），可裁定准许撤诉，案件终结。
     
   • 若原告未撤诉：法院需审查被告履行是否完全覆盖原告诉求（如赔偿金额、行为义务等）。若完全覆盖，法院可判决“驳回原告诉讼请求”，并可能根据案件情况在判决书中说明被告已履行的事实。

2. 若被告在法庭辩论终结后、判决前履行完毕
   此时法院已形成内心确信，但判决尚未作出。根据《民事诉讼法》第155条，法院仍需完成判决程序，但判决主文会体现被告履行情况：

   • 若履行完全：判决“驳回原告诉讼请求”，并在说理部分明确“被告已在诉讼中履行全部义务，原告诉求已无事实基础”。
     
   • 若履行部分：判决被告继续履行剩余义务，并可能根据原告申请裁定先予执行或采取其他保全措施。

3. 特殊情形：执行阶段前履行
   若被告在判决生效前主动履行（如上诉期间履行），法院可依原告申请出具《结案证明》或裁定“终结诉讼程序”，避免进入执行阶段。此时需注意：

   • 被告履行需留存证据（如转账记录、交付凭证等）；
     
   • 原告需向法院提交《履行完毕确认书》，否则法院可能依职权审查后终结程序。

实务建议：

• 对被告而言，履行时务必通过书面形式固定证据（如要求原告签署《履行确认书》），并同步提交法院备案；
  
• 对原告而言，若被告履行不符合约定（如部分履行、瑕疵履行），需在法庭辩论中明确提出，避免法院因“履行完毕”表象直接驳回诉求；
  
• 双方均可申请法院组织调解，将履行情况纳入调解协议，由法院出具《民事调解书》确认效力，降低后续争议风险。
  

若案件涉及复杂履行情况（如分期履行、附条件履行），建议进一步提供细节，我可结合具体案情分析判决走向及风险防范要点。