结论：自然人间接持股情形下，并非每个自然人都要穿透核查，这主要取决于具体的监管要求、公司类型以及持股结构的复杂性。
分析：
监管要求角度：
- 在金融、证券等特定行业，由于监管的严格性，可能会要求穿透核查最终的自然人持股者，以确保合规性和防止利益输送。例如，在上市公司或金融机构的股权结构中，监管机构可能要求披露至最终的自然人股东，以维护市场透明度和公平性。
- 对于非特定行业的一般公司，监管要求可能相对宽松，不一定要求穿透至每个自然人股东。这主要取决于公司的规模、业务性质以及当地法律法规的具体规定。
公司类型角度：
- 对于有限责任公司和股份有限公司，其股权结构相对透明，股东信息通常在公司登记机关有明确记录。在这种情况下，如果股权结构不复杂，可能不需要穿透至每个自然人股东。
- 对于合伙企业或个人独资企业等，由于其组织形式的特殊性，可能更容易出现间接持股的情况。此时，是否需要穿透核查取决于具体的企业章程、合伙协议以及当地法律法规的规定。
持股结构复杂性角度：
- 如果公司的持股结构相对简单，直接股东和间接股东关系清晰，那么可能不需要对每个自然人股东进行穿透核查。
- 如果公司的持股结构复杂，涉及多层嵌套或交叉持股等情况，那么为了明确股权关系和防止利益冲突，可能需要对部分或全部自然人股东进行穿透核查。
法律建议：
- 在处理自然人间接持股问题时，首先应明确具体的监管要求和公司类型，以确定是否需要穿透核查。
- 如果持股结构复杂或存在潜在的利益冲突，建议进行穿透核查以确保合规性和透明度。
- 在进行穿透核查时，应遵循相关法律法规的规定，确保核查过程的合法性和有效性。
- 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保在处理自然人间接持股问题时符合法律法规的要求。
后续行动建议：
- 如果您正在处理涉及自然人间接持股的公司事务，建议您先了解相关的监管要求和公司类型，以确定是否需要穿透核查。
- 如果您对持股结构的复杂性或潜在的利益冲突有疑问，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 在进行任何股权变动或交易时，都应确保符合相关法律法规的规定，以避免潜在的法律风险。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。