是的，母公司自然人股东对全资子公司是间接持股。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、股权结构角度

在股权结构中，母公司自然人股东首先持有母公司的股权，而母公司则全资持有子公司的股权。这种情况下，自然人股东并不直接持有子公司的股权，而是通过母公司这一中间层来间接持有子公司的股权。因此，从股权结构的角度来看，母公司自然人股东对全资子公司的持股是间接的。

二、法律关系角度

从法律关系的角度来看，母公司自然人股东与子公司之间并不存在直接的股权法律关系。他们的股权关系是通过母公司这一法律实体来连接的。自然人股东作为母公司的股东，享有母公司的股东权益，包括分红权、表决权等，但这些权益并不直接延伸到子公司。子公司作为独立的法律实体，其股权结构、股东权益等均由其自身章程和法律规定，与母公司自然人股东无直接关联。因此，从法律关系的角度来看，母公司自然人股东对全资子公司的持股也是间接的。

三、实际控制角度

虽然母公司自然人股东对全资子公司是间接持股，但他们可能通过母公司对子公司产生实际控制。因为母公司全资持有子公司，所以母公司的决策和意志往往能够直接影响到子公司的运营和管理。而母公司自然人股东作为母公司的决策者或影响者，可能通过母公司间接控制子公司的经营和决策。然而，这种实际控制并不改变他们间接持股的法律事实。

法律建议

对于母公司自然人股东而言，了解并明确自己对全资子公司的持股方式（间接持股）是非常重要的。这有助于他们更好地规划自己的股权结构、行使股东权益以及进行相关的法律决策。同时，如果母公司自然人股东希望对子公司产生更直接的影响或控制，可以考虑通过调整母公司对子公司的持股比例、修改子公司章程或签订相关协议等方式来实现。

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