公交司机因乘客从后门上车被扣钱，若认为扣钱不合理，可通过以下步骤起诉维权：

1. 明确起诉对象与诉求

   • 起诉对象：需明确扣钱主体是公交公司还是第三方管理机构（如承包方）。若为公交公司，直接以公司为被告；若涉及第三方，需根据合同关系确定责任方。
     
   • 诉求内容：需明确要求返还被扣款项，并可主张因扣钱导致的其他损失（如误工费、名誉损害赔偿等，需有证据支持）。

2. 收集关键证据

   • 扣钱依据：要求公司出具书面扣款通知或规章制度，证明扣钱理由（如“乘客从后门上车导致司机违规”）。
     
   • 反驳证据：
     
     • 监控录像：调取车内监控，证明乘客从后门上车时司机已尽到劝阻义务，或乘客强行上车导致司机无法阻止。
       
     • 证人证言：若有其他乘客或同事目击事件经过，可请其出具书面证言。
       
     • 公司制度漏洞：若公司规章制度未明确规定“乘客从后门上车需扣司机工资”，或规定与劳动法冲突（如“罚款超过月工资20%”），可作为反驳依据。
       
     • 同类案例：搜集公司对类似事件的处理记录，证明存在“同案不同罚”的不公平现象。

3. 选择维权途径

   • 劳动仲裁（优先）：
     
     • 若扣钱属于公司内部管理行为（如以“违反操作规程”为由扣工资），需先申请劳动仲裁，主张公司违法扣款。
       
     • 仲裁时效：自知道扣款之日起1年内提出。
       
     • 仲裁优势：程序简便、成本低，且仲裁裁决具有法律效力，公司不履行可申请法院强制执行。
       
   • 民事诉讼（备选）：
     
     • 若劳动仲裁未支持诉求，或扣钱行为涉及侵权（如公司诬陷司机“故意放任乘客违规”导致名誉损害），可向法院起诉。
       
     • 诉讼时效：自知道扣款之日起3年内提出。
       
     • 诉讼优势：可全面审查证据，要求公司承担举证责任（如证明司机存在过错）。

4. 具体操作步骤

   • 劳动仲裁流程：
     
     1. 撰写《劳动仲裁申请书》，载明申请人（司机）、被申请人（公司）、仲裁请求（返还扣款、赔偿损失等）、事实与理由。
        
     2. 提交证据材料（如扣款通知、监控录像、证人证言等）。
        
     3. 向公司所在地或劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
        
     4. 参加仲裁庭审，陈述事实、出示证据、反驳公司主张。
        
   • 民事诉讼流程：
     
     1. 撰写《民事起诉状》，载明原告（司机）、被告（公司）、诉讼请求、事实与理由。
        
     2. 提交证据材料（同劳动仲裁）。
        
     3. 向公司所在地或侵权行为地的基层法院起诉。
        
     4. 参加庭审，进行举证、质证、辩论。

5. 注意事项

   • 时效性：劳动仲裁需在1年内提出，民事诉讼需在3年内提出，逾期将丧失胜诉权。
     
   • 证据完整性：确保证据真实、合法、关联，避免因证据不足导致败诉。
     
   • 公司制度合法性：若公司规章制度未经民主程序制定或未公示，可能被认定为无效，无法作为扣款依据。
     
   • 避免冲突升级：维权过程中保持理性，避免与公司发生直接冲突，以免影响案件处理。

总结：公交司机因乘客从后门上车被扣钱，若认为不合理，可优先通过劳动仲裁要求返还扣款；若仲裁未果或涉及侵权，可向法院起诉。关键在于收集充分证据证明公司扣款无依据或程序违法，并选择合适的维权途径。如有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。