在合同诈骗案件中，若证据不能明确证明犯罪嫌疑人具有非法占有目的，检察院仍有可能批准逮捕，但也可能不批准逮捕，这主要取决于案件的具体情况和证据的充分性。以下是对此问题的详细分析：
一、证据与非法占有目的的认定
证据不足与非法占有目的：
- 非法占有目的是合同诈骗罪的主观要件，其认定往往依赖于客观证据。若证据不能明确证明犯罪嫌疑人具有非法占有目的，如款项流向不明、合同签订过程存在争议等，检察院在审查逮捕时会特别谨慎。
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，证据必须确实、充分，能够形成完整的证据链条，才能证明犯罪嫌疑人有罪。若证据不足，检察院可能基于疑罪从无的原则，作出不批准逮捕的决定。
证据充分与非法占有目的：
- 若公安机关提交的证据能够充分证明犯罪嫌疑人具有非法占有目的，如通过虚构事实、隐瞒真相等手段骗取他人财物，且款项被用于个人挥霍或非法活动等，检察院则可能批准逮捕。
二、检察院批捕的考量因素
犯罪事实的清晰度：
- 除了非法占有目的外，检察院还会考虑犯罪事实的清晰度。若合同诈骗的犯罪事实存在争议或模糊不清，检察院可能出于谨慎原则，不批准逮捕，以确保案件处理的准确性和公正性。
犯罪嫌疑人的社会危险性：
- 检察院在审查逮捕时，还会评估犯罪嫌疑人的社会危险性。若犯罪嫌疑人具备固定住所、职业，平时表现良好，且此次涉嫌合同诈骗为初犯、偶犯，检察院可能认为其无再犯可能，不会对社会造成危害，从而不批捕。
犯罪嫌疑人的个人情况：
- 对于患有严重疾病需长期治疗、怀孕或哺乳自己婴儿的妇女等特殊群体，检察院可能出于人道主义和保障其基本权益的考虑，作出不批捕决定。
- 若犯罪嫌疑人与被害人达成和解协议，并自愿、合法地履行或提供担保，检察院也可能考虑不批捕，以体现宽严相济的刑事政策。
三、法律依据与程序
- 检察院在不批捕的决定中，严格遵循《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定。特别是该法第九十一条规定，人民检察院应当自接到公安机关提请批准逮捕书后的七日以内，作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。
- 若检察院不批准逮捕，公安机关应当在接到通知后立即释放犯罪嫌疑人，并且将执行情况及时通知人民检察院。对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。
四、实际案例与操作建议
- 实际案例：在过往的合同诈骗案件中，存在因证据不足或事实不清而检察院不批准逮捕的情况。例如，某案件中犯罪嫌疑人虽被指控合同诈骗，但款项流向存在争议，且犯罪嫌疑人提供了合理的解释和证据，最终检察院以证据不足为由不批准逮捕。
- 操作建议：对于涉嫌合同诈骗的犯罪嫌疑人及其家属，应积极配合公安机关的调查工作，提供有利于犯罪嫌疑人的证据和线索。同时，也可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护犯罪嫌疑人的合法权益。
总结来说，在合同诈骗案件中，若证据不能明确证明犯罪嫌疑人具有非法占有目的，检察院的批捕决定将取决于案件的具体情况和证据的充分性。若您或您身边的人涉及此类案件，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。