结论：针对您与室友的矛盾，若您已道歉但对方仍要求赔偿3000元且诬陷您未做过的事，是否合理需分情况讨论。以下从法律角度为您详细分析：
一、关于赔偿3000元的合理性
若存在实际损害：
- 如果室友因您的行为（如轻微的肢体冲突、言语冲突导致的精神损害等）确实遭受了实际损失，如医疗费用、误工损失等，且这些损失与您的行为有直接因果关系，那么对方有权要求赔偿。但赔偿金额需根据实际损失来计算，3000元是否合理，需看对方能否提供相应证据证明其实际损失达到了这一数额。
- 例如，若对方因冲突导致轻微伤，医疗费用为500元，误工费为1000元，那么赔偿总额应为1500元，对方要求赔偿3000元则显然不合理。
若不存在实际损害或损害与您无关：
- 如果室友无法证明其遭受了实际损失，或者其损失与您的行为无直接因果关系，那么对方要求赔偿3000元则缺乏法律依据，您有权拒绝。
二、关于诬陷您未做过的事
名誉权侵害：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千零二十四条，民事主体享有名誉权，任何组织或者个人不得以侮辱、诽谤等方式侵害他人的名誉权。如果室友诬陷您未做过的事，且这些诬陷导致您的社会评价降低，那么室友的行为可能构成对您的名誉权侵害。
- 您有权要求室友停止侵害、消除影响、恢复名誉，并可以要求其赔礼道歉。如果因此给您造成了精神损害，您还可以主张精神损害赔偿。
诽谤罪的刑事责任：
- 根据《中华人民共和国刑法（2023修正）》第二百四十六条，以暴力或者其他方法公然侮辱他人或者捏造事实诽谤他人，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。如果室友的诬陷行为情节严重，如通过网络平台广泛传播、造成恶劣社会影响等，那么室友可能构成诽谤罪，需承担刑事责任。
- 但需要注意的是，诽谤罪属于告诉的才处理的犯罪，即需要您自行向人民法院提起诉讼，除非严重危害社会秩序和国家利益。
三、建议行动
收集证据：
- 保留所有与室友的沟通记录，包括道歉书、聊天记录、短信等，以证明您的态度和行为。
- 如果室友有诬陷您的行为，尽量收集相关证据，如证人证言、录音录像等，以证明您的清白。
协商解决：
- 在收集到足够证据后，您可以尝试与室友进行协商，说明您的立场和证据，要求对方停止诬陷并放弃不合理的赔偿要求。
法律途径：
- 如果协商无果，您可以考虑通过法律途径解决。对于名誉权侵害，您可以向人民法院提起民事诉讼，要求室友承担民事责任。
- 如果室友的诬陷行为情节严重，您还可以考虑向公安机关报案，要求追究室友的刑事责任。
最后，面对此类纠纷，保持冷静和理性至关重要。通过合法途径维护自己的权益，是解决问题的最佳方式。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。