结论：即便小三已经还过钱给男方且有转账记录，原配仍有可能起诉，但小三可通过提供还款证据进行抗辩，最终法院会根据双方证据和法律规定作出判决。以下从不同角度进行分析：

法律背景与依据

1. 原配起诉的法律依据
   • 根据《中华人民共和国民法典》第一千零四十三条，夫妻应当互相忠实，互相尊重，互相关爱。老公在婚姻关系存续期间给小三转账的行为违背了夫妻间的忠实义务。
   • 《中华人民共和国民法典》第一百五十三条第二款规定，违背公序良俗的民事法律行为无效。老公擅自将夫妻共同财产赠与小三，这种赠与行为不仅损害了原配的合法权益，也违反了社会公德和公序良俗原则，因此该赠与行为无效。
   • 《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有，夫妻对共同财产有平等的处理权。老公擅自处分夫妻共同财产的行为侵犯了原配对共同财产的平等处理权。所以，原配有权起诉要求小三返还不当得利。
2. 小三还款的证据效力
   • 小三提供的还款转账记录是证明其已经还款的重要证据。如果该转账记录真实、合法、有效，能够清晰地显示还款的时间、金额、双方账户信息等关键内容，那么在法律上可以证明小三已经履行了还款义务。

诉讼流程与抗辩

1. 原配起诉的流程
   • 收集证据：原配需要收集老公给小三转账的记录，如银行流水、微信或支付宝转账截图等，同时还可以收集老公与小三之间的沟通记录，如聊天记录、通话录音等，若其中涉及转账原因、双方关系等内容，可作为辅助证据。此外，能够证明老公与小三存在不正当关系的照片、视频等资料，在一定程度上也能增强案件的可信度和说服力。
   • 确定被告：一般以小三为被告提起诉讼，要求其返还不当得利。如果老公与小三相互串通，损害原配利益，也可以将老公列为共同被告，要求他们共同承担责任。
   • 撰写起诉状：起诉状应包含原告与被告的基本信息、诉讼请求（明确要求被告返还的转账金额及利息等）、事实与理由（详细阐述老公给小三转账的事实经过、违反法律规定的情况以及对原配造成的损害）等内容。
   • 立案与审理：将准备好的起诉材料提交到有管辖权的人民法院，法院审查符合立案条件后予以受理，并通知当事人缴纳诉讼费用。之后法院会安排开庭时间，在庭审过程中，双方当事人进行举证、质证和辩论。原配需要充分展示自己的证据，阐述事实和理由，以支持自己的诉讼请求；小三可以进行答辩和反驳，并提供相应的证据，如前面提到的还款转账记录。
   • 判决：法院根据双方的陈述和证据进行审理后，会依法作出判决。如果认定老公的赠与行为无效，但小三能够提供充分证据证明已经还款，法院可能不会判决小三返还财产。
2. 小三的抗辩方式
   • 小三在收到原配的起诉状后，应积极准备答辩材料，重点提供还款的转账记录等证据，证明自己已经履行了还款义务。在庭审过程中，要清晰、准确地向法院陈述还款的事实和经过，以维护自己的合法权益。

注意事项

1. 诉讼时效：一般情况下，此类案件的诉讼时效为三年，从原配知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。如果超过诉讼时效期间再起诉，可能会面临丧失胜诉权的风险。
2. 证据的真实性与合法性：双方提供的证据都必须真实、合法、有效。如果证据存在伪造、篡改等情况，不仅不会被法院采纳，还可能承担相应的法律责任。

建议：如果原配已经起诉或者准备起诉，小三应及时咨询专业律师，在律师的指导下收集和整理证据，制定合理的诉讼策略。若你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。