结论：助教工资被扣是否违法，需根据具体情况判断，包括扣款原因、合同约定、公司规章制度以及是否违反法律法规的强制性规定等。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 如果助教与用人单位签订的劳动合同中明确规定了工资构成、发放时间以及扣款条件等，且用人单位的扣款行为符合合同约定，那么这种扣款行为可能是合法的。例如，合同中约定因助教个人原因造成教学事故或损失，用人单位有权从工资中扣除相应赔偿。
   • 建议：助教应仔细审查劳动合同中的相关条款，了解自己的权利和义务，以及用人单位的扣款权限和条件。

2. 公司规章制度角度：

   • 除了劳动合同外，用人单位的规章制度也可能对工资扣款作出规定。如果规章制度经过民主程序制定，且已向助教公示或告知，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位依据规章制度进行扣款也可能是合法的。
   • 建议：助教应了解并遵守用人单位的规章制度，同时也有权对不合理的规章制度提出异议或寻求法律帮助。

3. 法律法规强制性规定角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者的工资。如果用人单位的扣款行为没有合法依据，或者扣款金额超过了法定限额，那么这种扣款行为就是违法的。
   • 具体情形：例如，用人单位以助教未完成工作任务为由扣款，但未能提供充分证据证明助教确实未完成任务，或者扣款金额明显不合理，那么这种扣款行为就可能构成违法。
   • 法律后果：如果用人单位违法扣款，助教有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位补发工资并支付相应的赔偿金。

4. 特殊情形下的扣款：

   • 在某些特殊情形下，如助教因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但经济损失的赔偿，可从助教本人的工资中扣除，且每月扣除的部分不得超过其当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 建议：在面对此类扣款时，助教应核实扣款金额是否合理，并保留好相关证据，以便在必要时维护自己的合法权益。

进一步思考：

• 助教在遇到工资被扣的情况时，应首先与用人单位进行沟通，了解扣款的具体原因和依据。
• 如果认为用人单位的扣款行为违法或不合理，助教可以收集相关证据，如工资条、劳动合同、规章制度等，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 在整个过程中，助教应保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。

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