营运车跑顺风车被罚款5000元是否合理，需结合具体情形判断，不能一概而论。以下从不同角度分析：

1. 从法律定性角度
   营运车辆与顺风车在法律上有本质区别。营运车辆需取得《道路运输经营许可证》，以盈利为目的持续从事客运活动；而顺风车属于私人小客车合乘，本质是分摊出行成本或免费互助，不以盈利为目的。
   若营运车辆以“顺风车”名义变相从事营运活动（如通过平台频繁接单、固定路线载客、收取明显高于成本分摊的费用），则可能被认定为非法营运。根据《道路运输条例》第六十三条，未取得经营许可擅自从事道路运输经营的，可处3万至10万元罚款。若罚款5000元是执法部门基于“情节较轻”的自由裁量，在法律框架内具有合理性。

2. 从执法程序角度
   罚款合理性需满足两个程序要件：

   • 证据充分：执法部门需证明车辆存在“以顺风车名义非法营运”的行为（如平台订单记录、乘客证言、收费凭证等）；
     
   • 程序合法：需履行立案、调查、告知权利、听取陈述申辩、作出处罚决定等法定程序。
     若执法部门未履行上述程序或证据不足，罚款可能因程序违法被撤销。

3. 从地方性法规角度
   部分城市对顺风车有更严格的规定。例如：

   • 北京市要求顺风车每日接单不超过2次；
     
   • 上海市规定合乘出行分摊费用不得超过巡游出租汽车运价的50%；
     
   • 广州市明确顺风车平台需向交通部门备案。
     若车辆违反地方性法规（如超次数接单、收费过高），罚款5000元可能符合地方规定。

4. 从救济途径角度
   若认为罚款不合理，可通过以下方式维权：

   • 申请行政复议：自收到处罚决定书60日内向上一级交通部门或本级政府申请复议；
     
   • 提起行政诉讼：自知道处罚决定6个月内向法院起诉，要求撤销或变更处罚。
     维权时需重点审查执法部门的事实认定和法律适用是否正确。

建议：若您遇到此类情况，需先核实执法部门认定的“非法营运”事实是否成立（如是否频繁接单、收费是否合理），再结合地方性法规判断处罚幅度是否适当。如有疑问，可直接向我咨询具体细节，我会结合证据和法律条款为您分析。