关于顺风车罚款5000元是否合理的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和法律法规来综合判断。

首先，我们要明确的是，顺风车作为一种共享出行方式，其本质是私家车车主在顺路的情况下捎带乘客，以分摊出行成本，这种行为本身是被国家所鼓励和支持的。然而，在实际运营中，顺风车与网约车的概念有时会被混淆，导致一些车主或乘客对法律法规的理解存在偏差。

从您提供的参考信息中，我们可以看到两个不同的案例：

1. 第一个案例中，驾驶员马某因未取得巡游出租汽车经营许可，擅自从事巡游出租汽车经营活动（即非法营运），被处以罚款5000元。在这个案例中，马某的行为明显超出了顺风车的范畴，他通过线下收款的方式逃避平台抽成，实际上是在进行非法营运活动。因此，执法部门对其处以罚款是合理的，也是符合法律法规的。

2. 第二个案例中，连云港的张某通过顺风车平台接单载客，但被县交通运输局认定属于未取得经营许可擅自从事网约车经营活动，并罚款5000元。然而，法院在审理后认为，张某的出行目的是回家，在平台上发布自己的行程信息并承接出行订单，具有合理性，且对费用的收取与分配并非主导，而是根据平台规则分配，具有“顺路捎带”性质。因此，县交通运输局的处罚被认定为事实错误，应予以撤销。这个案例说明了，在判断顺风车行为是否合法时，需要综合考虑多个因素，包括载客行为的起因、路线、收费合理性等。

综合分析：

• 如果顺风车车主的行为确实超出了顺风车的范畴，比如进行非法营运、逃避监管等，那么执法部门对其处以罚款是合理的。
• 如果顺风车车主的行为符合顺风车的本质特征，即顺路捎带乘客、分摊出行成本，且没有违反相关法律法规，那么对其处以罚款就是不合理的。

建议：

• 对于顺风车车主来说，应该明确自己的行为性质，遵守相关法律法规和平台规则，不要进行非法营运活动。
• 对于执法部门来说，在查处顺风车相关案件时，应该综合考虑多个因素，准确界定运营行为的性质，避免简单以收取费用高于出行成本即认定属于违法从事网约车运营并予以处罚。

因此，顺风车罚款5000元是否合理，需要根据具体情况和法律法规来综合判断。