在交通肇事案件中，关于犯罪交通工具的没收决定机关，主要取决于该交通工具是否属于供犯罪所用的本人财物。以下是详细分析：
没收决定机关的一般规定：
- 根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
- 在交通肇事案件中，如果交通工具被认定为供犯罪所用的本人财物，那么该交通工具的没收决定通常由人民法院在判决时一并作出。
没收的具体情形与程序：
- 情形认定：并非所有交通肇事案件中的交通工具都会被没收。只有当该交通工具被直接用于实施犯罪行为，且属于犯罪分子本人所有时，才可能面临没收。例如，如果犯罪分子故意使用自己的车辆进行危险驾驶或肇事逃逸，且该车辆在犯罪中起到了关键作用，那么该车辆可能被视为供犯罪所用的本人财物。
- 程序要求：没收决定需经过人民法院的审判程序。在审判过程中，法院会综合考虑案件事实、证据以及法律规定，对是否没收交通工具作出裁决。如果法院认为有必要没收，它会在判决书中明确说明，并指定执行机关（通常是公安机关）负责执行没收。
特殊情况下的处理：
- 如果交通工具不属于犯罪分子本人所有，而是借用的、租用的或盗用的，那么通常不会对该交通工具进行没收。但是，如果交通工具的所有者明知犯罪分子将用于犯罪活动而仍然提供，那么所有者可能面临其他法律责任。
- 在某些情况下，即使交通工具属于犯罪分子本人所有，但如果其价值较低或没收后对犯罪分子及其家庭生活造成过大影响，法院也可能考虑不予以没收，而是采取其他处罚措施。
总结与建议：
- 在交通肇事案件中，犯罪交通工具的没收决定主要由人民法院在判决时作出。
- 没收决定需基于交通工具是否属于供犯罪所用的本人财物，并经过严格的审判程序。
- 如果您或您身边的人涉及此类案件，并对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和辩护策略。