业主反对三楼建筑用途变更是否合法，需根据具体情况判断，主要看变更用途是否违反法律法规、管理规约或侵害业主共同利益。以下从不同角度详细分析：
一、法律法规层面
规划用途变更需审批：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》等相关规定，建筑物的用途变更，特别是涉及商业、住宅等性质改变的，通常需要经过规划部门的审批。如果三楼建筑用途的变更未经规划部门批准，那么这种变更就是违法的，业主有权反对。
消防安全要求：
- 建筑用途的变更还可能涉及消防安全标准的改变。如果变更后的用途不符合消防安全要求，那么这种变更也是违法的，业主同样有权反对。
二、管理规约层面
管理规约的约束力：
- 小区的管理规约是业主共同制定的，对全体业主具有约束力。如果管理规约中明确规定了建筑物的用途，或者对用途变更设置了限制条件，那么任何违反管理规约的用途变更都是不合法的，业主可以依据管理规约进行反对。
业主大会或业主委员会的决策：
- 如果小区设有业主大会或业主委员会，且其对建筑用途变更进行了决策，那么这种决策应当符合法律法规和管理规约的要求。如果决策过程存在违法或违规情况，或者决策结果侵害了业主的共同利益，那么业主有权提出异议并反对。
三、业主共同利益层面
共同利益的维护：
- 业主作为小区的共同所有者，有权维护小区的共同利益。如果三楼建筑用途的变更对小区的整体环境、安全、交通等方面产生了不利影响，或者侵害了其他业主的合法权益，那么这种变更就是不合法的，业主有权反对。
相邻权保护：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻权的规定，业主在行使自己的权利时，不得损害其他业主的合法权益。如果三楼建筑用途的变更对相邻业主造成了噪音、采光、通风等方面的干扰或损害，那么相邻业主有权提出异议并反对。
四、实际操作建议
收集证据：
- 如果业主认为三楼建筑用途的变更不合法，应当首先收集相关证据，如规划审批文件、管理规约、业主大会或业主委员会的决策记录、现场照片或视频等。
与相关部门沟通：
- 业主可以向规划部门、消防部门等相关政府部门咨询并反映情况，要求相关部门对变更用途的合法性进行审查。
寻求法律援助：
- 如果问题复杂或难以解决，业主可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，业主反对三楼建筑用途变更是否合法，需根据变更用途是否违反法律法规、管理规约或侵害业主共同利益来判断。如果变更用途存在违法或违规情况，或者侵害了业主的共同利益，那么业主有权反对并通过合法途径维护自己的权益。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。