对方公司在钱到账后将发票红冲的行为是否违法，需分情况讨论：
若对方公司存在合法理由红冲发票
根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，发票红冲（即开具红字发票）通常用于更正已开具发票中的错误（如金额错误、购买方信息错误等），或因销售退回、折让等情形需要冲减收入。若对方公司能提供充分证据证明红冲行为符合上述合法情形（如双方协商一致退货、原发票存在实质性错误等），且已依法履行红冲手续（如向税务机关备案、通知购买方等），则该行为不违法。
若对方公司无合法理由红冲发票
若对方公司在钱已到账、交易已实际完成的情况下，无正当理由擅自红冲发票，可能涉嫌以下违法行为：
- 偷逃税款：通过红冲发票减少应税收入，规避纳税义务，违反《税收征收管理法》第六十三条，可能面临补缴税款、滞纳金及罚款，情节严重者可能构成逃税罪。
- 虚开发票：若红冲后未实际退还款项或未发生真实交易，可能被认定为“为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开”发票的行为，违反《刑法》第二百零五条，构成虚开发票罪。
- 合同违约：若双方合同明确约定发票开具及红冲条件，对方擅自红冲可能构成违约，需承担民事赔偿责任。
建议行动：
- 核实红冲原因：要求对方公司提供红冲发票的合法依据（如退货协议、原发票错误证明等），并确认是否已向税务机关备案。
- 检查资金流向：确认对方是否已实际退还款项，或是否存在其他交易安排（如部分退货、折扣等）。
- 咨询税务机关：若对红冲合法性存疑，可向当地税务机关举报或申请核查，税务机关将依法调查并处理违法行为。
- 保留证据：保存合同、付款凭证、发票及沟通记录等证据，以备后续维权或诉讼使用。
总结：对方公司红冲发票是否违法，关键在于其是否有合法理由及是否履行法定程序。若存在恶意红冲、偷逃税款等情形，您有权通过法律途径维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体应对策略。