针对您提出的“单位委托第三方公司缴纳社保被认定为不合法该怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，公司委托第三方缴纳社保的合法性并非一概而论，而是取决于多个关键因素，包括第三方的资质、社保缴纳地与员工工作地的一致性，以及是否存在虚构劳动关系等情形。
一、合法情形分析
委托有资质的第三方：
- 如果公司委托的第三方机构是依法设立，且取得了从事社保代缴业务的相关资质（如人力资源服务许可证），并在公司所在地或员工实际工作地为员工缴纳社保，同时公司与第三方签订了合法有效的服务协议，明确双方的权利和义务，那么这种委托行为通常是合法的。
集团公司统一委托：
- 对于大型集团公司而言，为了便于管理和提高效率，可能会统一委托第三方机构为下属子公司的员工在当地缴纳社保。这种做法在符合法律法规和当地社保政策要求的情况下，也是被视为合法的。
二、违法情形及应对措施
委托无资质的第三方：
- 如果公司委托的第三方机构没有获得从事社保代缴业务的资质，那么这种委托行为就存在违法风险。此时，公司应立即停止与该第三方的合作，并重新选择有资质的第三方机构进行合作，以确保员工的社保权益得到保障。
社保缴纳地与工作地不一致：
- 若公司委托第三方在异地为员工缴纳社保，且这种异地缴纳并非基于员工实际工作地点等合理因素，而是出于降低社保缴纳成本等不正当目的，那么这种行为可能违反社保属地管理原则，损害员工在当地享受社保待遇的权益。此时，公司应调整社保缴纳地，确保与员工实际工作地一致，或与员工协商并达成一致意见后，按照合理方式处理社保缴纳问题。
虚构劳动关系代缴社保：
- 如果公司与第三方通过虚构劳动关系的方式为非本公司员工缴纳社保，如为了让某些人享受当地的购房、落户等政策而违规代缴，那么这种行为不仅违反了社保法律法规，还可能构成骗保等违法行为。此时，公司应立即停止这种违法行为，并主动向社会保险行政部门说明情况，接受处理。同时，公司应加强内部管理，防止类似行为再次发生。
三、法律后果及预防措施
- 根据《社会保险法》的相关规定，以欺诈、伪造证明材料或者其他手段骗取社会保险基金支出或社会保险待遇的，由社会保险行政部门责令退回骗取的社会保险金，并处骗取金额二倍以上五倍以下的罚款。因此，企业若存在违法代缴社保的行为，将面临严重的法律后果。
- 为了预防类似问题的发生，企业应严格按照法律规定为员工缴纳社保，确保员工的合法权益得到保障。同时，企业应选择有资质的第三方机构进行合作，并在合作前对第三方的资质、信誉等进行充分调查和评估。此外，企业还应加强内部管理，建立健全的社保缴纳制度，确保社保缴纳的合规性和准确性。
四、员工权益保护
- 员工也应了解自己的社保缴纳情况，若发现企业存在违法行为，应及时向有关部门举报并维护自己的合法权益。员工可以通过查询社保缴纳记录、咨询社保部门等方式来了解自己的社保缴纳情况，并在发现问题时及时采取措施。
综上所述，公司委托第三方缴纳社保的合法性需根据具体情况判断。在符合法律法规和政策规定的前提下进行委托是合法的；否则，将面临法律风险并承担相应的后果。因此，企业和员工都应加强对社保缴纳相关法律法规的学习和了解，确保社保缴纳的合规性和准确性。