合作协议在工程完工后签订，只要满足法定条件，是具有法律依据的，能够产生相应的法律效力。以下从不同角度为你详细分析：

协议有效的法定条件

1. 主体适格：签订合作协议的双方应当具备相应的民事行为能力。在建设工程领域，这通常意味着合伙人应当是具有完全民事行为能力的自然人，或者是依法成立并具有相应资质的法人或其他组织。如果一方或双方不具备相应的民事行为能力，那么签订的协议可能会被认定为无效。
2. 意思表示真实：协议的内容应当是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。如果一方在签订协议时受到了欺诈或胁迫，那么该方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。
3. 内容合法：协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。在建设工程领域，这要求协议的内容必须符合相关法律法规的规定，如建筑法、招标投标法等。如果协议内容违法，那么该协议将被认定为无效。
4. 形式合法：虽然合作协议并非必须采用书面形式，但为了明确双方的权利义务，避免纠纷的发生，建议采用书面形式签订。此外，如果法律法规对合作协议的形式有特别规定，如必须采用书面形式并办理相关审批手续等，那么双方应当遵守这些规定。

协议签订时间对效力的影响

工程完工后签订合作协议，并不影响协议的效力。只要协议满足上述法定条件，无论是在工程开工前、施工过程中还是完工后签订，都具有法律效力。然而，需要注意的是，如果协议中涉及工程款的支付、质量保证等条款，且这些条款与工程的实际完成情况密切相关，那么双方在签订协议时应当充分考虑这些因素，确保协议条款的公平性和合理性。

实务建议

1. 明确协议内容：在签订合作协议时，双方应当明确各自的权利义务、利润分配方式、风险承担方式等关键条款。这些条款应当具体、明确，避免出现模糊不清或歧义的情况。
2. 保留相关证据：在合作过程中，双方应当保留好与工程相关的所有证据，如施工合同、工程款支付凭证、验收报告等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
3. 及时咨询专业律师：如果在合作过程中遇到任何法律问题或纠纷，双方应当及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。

如果你在合作过程中遇到了具体的法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律建议和解决方案。