关于管辖权异议审查超过三个月后案件审理适用什么程序的问题，这主要取决于案件所处的具体阶段以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
管辖权异议审查期限的一般规定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，人民法院受理案件后，当事人对管辖权有异议的，应当在提交答辩状期间提出。人民法院对当事人提出的异议，应当审查。异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的人民法院；异议不成立的，裁定驳回。
- 通常情况下，管辖权异议的审查期限并没有明确规定为三个月，但法院应在合理期限内完成审查，以确保案件的及时审理。若审查期限确实超过了常规时间，这可能是由于案件复杂、证据收集困难或其他特殊原因导致的。
审查超过三个月的可能影响：
- 如果管辖权异议的审查超过了三个月，这并不意味着案件会自动转入某种特定程序。而是需要看法院是否已经作出了关于管辖权异议的裁定。
- 如果法院已经作出了裁定，并且裁定已经生效（即当事人没有在法定期限内上诉或上诉被驳回），那么案件将按照裁定确定的管辖法院继续审理，适用正常的诉讼程序。
- 如果法院尚未作出裁定，或者裁定尚未生效，那么案件可能仍处于管辖权异议的审查阶段，或者需要等待上诉结果后再确定管辖法院。
特殊情况下的程序适用：
- 在某些特殊情况下，如管辖权异议的审查严重影响了案件的审理进度，或者当事人对管辖权异议的裁定存在严重争议，法院可能会考虑采取一些特殊措施来加快案件的审理，如指定管辖、提级管辖等。但这些措施并不是自动适用的，而是需要法院根据具体情况进行裁量。
法律建议：
- 对于当事人来说，如果管辖权异议的审查超过了预期时间，可以主动与法院联系，了解审查进度和原因。
- 如果认为法院的审查存在不当延迟或违法行为，可以向上一级法院申诉或寻求其他法律救济途径。
- 在整个过程中，保持与律师的沟通是非常重要的，以便及时了解案件进展和采取相应的法律策略。
总结来说，管辖权异议审查超过三个月并不直接决定案件将适用何种程序。案件的具体审理程序将取决于法院是否已经作出关于管辖权异议的裁定以及该裁定是否生效。如果裁定已经生效，案件将按照裁定确定的管辖法院继续审理；如果裁定尚未作出或尚未生效，则需要等待法院进一步的处理结果。在整个过程中，当事人应保持与法院和律师的沟通，以便及时了解案件进展和采取相应的法律措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。