合同履行但存在滞纳金的情况下，可以开具发票，但需根据滞纳金的性质及税务规定进行区分处理。具体分析如下：

1. 滞纳金性质决定税务处理方式
   若滞纳金属于价外费用（即因逾期付款等违约行为产生的补偿性费用，与合同价款直接相关），则应并入合同价款总额，按照主合同适用的税率开具增值税发票。例如：买卖合同中买方逾期付款，卖方收取的滞纳金需与货款合并开具发票。
   若滞纳金属于违约金或赔偿金（如因根本违约导致的损失赔偿，与合同履行标的无直接关联），则需单独判断是否构成增值税应税行为。若属于赔偿性质且未提供应税服务，通常无需开具发票，但需留存合同、判决文书等证明材料以备税务核查。

2. 税务合规操作要点

   • 发票开具内容：价外费用性质的滞纳金应在发票“货物或应税劳务、服务名称”栏注明“滞纳金”或“违约金”，并对应主合同税率计算税额。
     
   • 账务处理：企业应将滞纳金收入计入“其他业务收入”或“营业外收入”，同时确认增值税销项税额。
     
   • 合同条款明确性：建议在合同中约定滞纳金的计算方式及税务处理方式，避免后续争议。例如：明确滞纳金是否包含税款、由哪方承担等。

3. 风险提示

   • 若滞纳金被认定为“不征税收入”（如因政策性减免或非经营活动产生），则不得开具增值税发票，否则可能面临税务机关处罚。
     
   • 企业需避免将滞纳金与合同价款拆分开具发票，或通过“红字冲销”“虚开发票”等方式规避纳税义务，否则可能构成偷税行为。

建议：企业应结合具体业务场景，通过合同条款设计、税务筹划等方式合理处理滞纳金问题。如有复杂交易结构或税务争议，可进一步提供合同文本及业务细节，我将协助分析税务合规性及风险防控方案。