结论前置：单位已经扣了旷工工资的情况下，同一旷工行为原则上部门不可以再次扣除工资，但具体还需结合单位规章制度及实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、从法律规定角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”

这一规定主要明确了因劳动者原因给单位造成经济损失时，单位可从工资中扣除赔偿的限额，但并未直接规定旷工情况下工资扣除的具体方式。不过，从法律原则和精神来看，同一旷工行为导致的工资扣除应当是一次性的，不应重复扣除。因为旷工行为本身已经构成了对单位劳动纪律的违反，单位可以根据规章制度对旷工行为进行处罚，包括扣除相应工资，但这种扣除应当是基于旷工行为本身的一次性处理，而非可以无限次或由不同部门重复扣除。

二、从单位规章制度角度

单位通常会制定内部规章制度来规范员工的劳动行为，包括旷工的处理方式。如果单位的规章制度中明确规定了旷工的工资扣除标准，并且这一标准没有违反法律法规的强制性规定，那么单位可以按照规章制度来扣除旷工员工的工资。但是，如果规章制度中没有规定可以由不同部门重复扣除旷工工资，或者规定的内容与法律法规相抵触，那么部门再次扣除旷工工资的行为就可能缺乏合法依据。

三、从实际操作角度

在实际操作中，如果单位已经因为旷工行为扣除了员工的工资，而部门又试图再次扣除，员工可以首先与部门或单位的人力资源部门进行沟通，了解扣除工资的具体原因和依据。如果认为扣除行为不合理或违法，员工可以向单位提出异议，并要求单位提供相关的规章制度和法律依据。如果单位无法提供合理的解释和依据，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

建议：作为员工，在面对单位或部门扣除旷工工资的情况时，应当首先了解自己的权益和单位的规章制度，确保扣除行为合法合理。如果认为扣除行为存在问题，可以及时与单位沟通或寻求法律帮助。同时，作为单位或部门，也应当严格遵守法律法规和内部规章制度，确保对员工的处理合法合规，避免引发不必要的劳动纠纷。

后续思考：如果单位规章制度中确实存在可以由不同部门重复扣除旷工工资的规定，但这一规定与法律法规相抵触或显失公平，员工在维护自己权益时应当如何操作？这种情况下，员工可以依据相关法律法规向单位提出异议，并要求单位修改不合理的规章制度。如果单位拒绝修改或继续执行不合理的规定，员工可以通过法律途径来维护自己的权益。