在商标侵权案件中，商标侵权的主管部门并非单一地由侵权行为地或侵权人所在地决定，而是根据具体情况，可能涉及多个部门和地区，主要包括市场监督管理部门和人民法院，且管辖权的确定与侵权行为实施地、侵权商品储藏地或查封扣押地、被告住所地等多个因素相关。以下是对此问题的详细分析：
一、市场监督管理部门（工商行政管理机关）
职能与管辖：
- 市场监督管理部门是负责商标管理工作的行政机关，有权依法查处侵犯注册商标专用权的行为。
- 管辖范围一般包括侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地或者查封扣押地、被告住所地等地的工商行政管理部门，具体为县级以上工商行政管理部门。
处理流程：
- 市场监督管理部门在接到投诉或发现商标侵权行为后，会进行调查取证，包括询问当事人、调查相关情况、查阅复制相关资料、实施现场检查等。
- 若侵权行为成立，市场监督管理部门将责令立即停止侵权行为，没收并销毁侵权商品及制造工具，并处以罚款；对于情节严重者，将从重处罚。
二、人民法院
起诉条件与管辖：
- 被侵权人可直接向人民法院提起商标侵权民事诉讼，要求侵权方承担停止侵权、消除影响、赔偿损失等民事责任。
- 起诉时需向有管辖权的法院提出，一般由侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地或查封扣押地、被告住所地人民法院管辖。这意味着，无论侵权行为地还是侵权人所在地，只要符合上述条件之一，都可能成为有管辖权的法院所在地。
诉讼优势：
- 通过司法程序可以全面追究侵权人的民事责任，赔偿数额确定等方面可能更有利于权利人。
- 法院判决具有更强的强制执行力，能够更有效地保护商标权人的合法权益。
三、综合建议
选择维权途径：
- 在选择维权途径时，应根据具体情况综合考虑。如果希望快速制止侵权行为并避免复杂的法律程序，可以向市场监督管理部门投诉。
- 如果希望追求全面的民事赔偿和法律责任追究，或者侵权行为涉及多个地区且情况复杂，则更适合向人民法院提起诉讼。
收集证据：
- 无论选择哪种维权途径，都需要收集充分的证据来支持自己的主张。这些证据可能包括购买侵权商品的凭证、现场勘查记录、照片、视频资料以及相关的证人证言等。
及时行动：
- 在发现商标侵权行为后，应及时采取行动保护自己的合法权益，避免损失扩大。同时，也应注意保护自己的合法权益，避免在取证过程中侵犯他人的合法权益。
举例说明：假设某商标权人在A地发现其商标被侵权，而侵权商品的生产地在B地，销售地在C地。在此情况下，商标权人可以选择向A地（如果A地是侵权结果发生地，如购买地）、B地（侵权行为实施地）或C地（侵权行为实施地）的市场监督管理部门投诉，也可以直接向这些地区的人民法院提起诉讼。具体选择哪个地区或部门，应根据实际情况和维权策略来决定。