事业单位出租房产可以签订三年租赁协议，但需满足法定条件并履行相应程序。具体分析如下：

1. 合同期限的合法性
   根据《民法典》第七百零五条，租赁期限不得超过二十年；超过二十年的，超过部分无效。因此，签订三年租赁协议在期限上完全合法，不存在法律障碍。

2. 事业单位出租房产的特殊要求
   事业单位作为国有资产的使用单位，其房产出租需遵守《行政事业性国有资产管理条例》等规定，通常需履行以下程序：

   • 内部审批：需经单位内部决策程序（如党组会、办公会）审议通过；
     
   • 资产评估：部分地区要求对租金进行评估，确保符合市场价格；
     
   • 公开招租：通过产权交易机构公开招租，避免暗箱操作；
     
   • 备案或审批：部分地区需向财政部门或主管部门备案或审批。
     若未履行上述程序，可能面临合同效力风险或内部责任追究。

3. 合同条款的注意事项
   建议明确以下条款以规避风险：

   • 租金支付方式：如分期支付、押金条款；
     
   • 维修责任：区分自然损耗与人为损坏的维修义务；
     
   • 合同解除条件：如承租人拖欠租金、擅自转租等情形；
     
   • 优先续租权：若需长期合作，可约定续租条件；
     
   • 违约责任：明确违约金或赔偿范围。

4. 地方性规定的差异
   部分地区对事业单位房产出租有额外要求，例如：

   • 租金上缴比例：部分地区要求租金全额或部分上缴财政；
     
   • 合同备案：需向当地国资监管部门备案；
     
   • 用途限制：如禁止转租、限制经营行业等。
     建议提前咨询当地财政部门或国资监管机构，确保程序合规。

行动建议：
若您所在单位计划出租房产，可按以下步骤操作：

1. 梳理内部决策流程，完成审批；
   
2. 联系评估机构确定租金市场价；
   
3. 通过公开平台发布招租信息；
   
4. 签订合同后履行备案或审批手续（如有要求）。
   

如有具体条款设计或程序疑问，可进一步向我咨询，我会结合您所在地区的规定提供细化建议。