结论：学校盖第三方协议的公司和盖就业协议的公司不一样，是否可行需分情况讨论，主要取决于学校规定、协议内容以及相关法律法规的要求。以下从不同角度进行分析：
一、学校规定角度
学校有明确规定：
- 如果学校对于就业协议和第三方协议的盖章公司有明确的规定，比如要求两者必须为同一公司或满足特定条件（如行业、规模等），那么学生需要遵守这些规定。否则，可能会面临学校不予认可、影响毕业或就业手续办理等后果。
学校无明确规定：
- 如果学校没有明确规定就业协议和第三方协议的盖章公司必须一致，那么学生可以根据实际情况和需求选择不同的公司进行盖章。但在此情况下，学生仍需确保所选择的公司在法律上是合法存在的，且协议内容真实、合法、有效。
二、协议内容角度
协议内容相互关联：
- 如果就业协议和第三方协议在内容上相互关联，比如就业协议中约定了学生需与第三方公司签订实习或就业协议，那么在这种情况下，两个协议的盖章公司通常应该是一致的。否则，可能会导致协议内容无法履行或产生纠纷。
协议内容独立：
- 如果就业协议和第三方协议在内容上相互独立，没有直接的关联或依赖关系，那么学生可以选择不同的公司进行盖章。但在此情况下，学生仍需仔细审查协议内容，确保自己的权益得到充分保障。
三、法律法规角度
遵守相关法律法规：
- 无论学校是否有明确规定或协议内容如何，学生在签订就业协议和第三方协议时都必须遵守相关的法律法规。例如，协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害社会公共利益或他人合法权益等。
注意协议效力：
- 学生应确保所签订的协议具有法律效力。如果协议存在无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通等），那么即使盖章公司不同，协议也可能被认定为无效。
四、实际操作建议
咨询学校就业指导部门：
- 在签订就业协议和第三方协议前，学生可以咨询学校的就业指导部门或相关老师，了解学校对于这两个协议的具体要求和规定。
仔细审查协议内容：
- 学生应仔细审查就业协议和第三方协议的内容，确保自己的权益得到充分保障。如果对协议内容有疑问或不确定的地方，可以寻求专业律师的帮助。
保留相关证据：
- 在签订协议过程中，学生应保留好相关证据（如协议文本、沟通记录等），以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
总结与启示：学校盖第三方协议的公司和盖就业协议的公司不一样是否可行，需根据学校规定、协议内容以及相关法律法规的要求进行综合判断。学生在签订这两个协议时，应仔细审查协议内容、咨询学校就业指导部门或相关老师，并保留好相关证据，以确保自己的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。