结论：三方协议中用人单位的章盖到校方位置，该协议是否有效需视具体情况而定，不能直接判定为无效或有效。

分析：

1. 协议形式要件：

   • 三方协议，作为毕业生、用人单位和学校三方之间的约定，其有效性首先取决于是否满足法律规定的合同形式要件。这包括协议是否由各方自愿签订、内容是否合法、是否违反公序良俗等。
   • 盖章是协议生效的重要形式要件之一。通常，协议需要各方在指定位置加盖公章或合同专用章以表示认可。若用人单位的章盖到了校方的位置，这显然不符合常规的盖章方式。

2. 盖章错误的影响：

   • 不影响实质内容：如果协议的其他部分（如条款、约定等）均合法有效，且各方对协议内容无异议，仅因盖章位置错误而否定整个协议的效力，可能过于严苛。此时，可通过补盖、更正盖章位置或各方出具书面确认函等方式来弥补这一形式上的瑕疵。
   • 影响实质内容：如果盖章错误导致了协议内容的误解或歧义，或者用人单位因此否认协议的存在或效力，那么该协议可能面临被认定为无效或可撤销的风险。

3. 法律建议：

   • 及时沟通：发现盖章错误后，毕业生应尽快与用人单位和学校沟通，说明情况并寻求解决方案。
   • 补正手续：根据沟通结果，各方可协商补盖正确的章、更正盖章位置或出具书面确认函等补正手续，以确保协议的效力。
   • 法律途径：如果无法通过协商解决，毕业生可考虑通过法律途径维护自己的权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

4. 可能后果：

   • 协议有效：如果各方对盖章错误无异议，且通过补正手续弥补了形式上的瑕疵，那么该协议可能仍然有效。
   • 协议无效或可撤销：如果盖章错误导致了协议内容的误解或歧义，或者用人单位因此否认协议的存在或效力，且无法通过补正手续解决，那么该协议可能面临被认定为无效或可撤销的后果。

总结与建议：

• 毕业生在签订三方协议时，应仔细核对协议内容，确保各方盖章位置正确无误。
• 发现盖章错误后，不要慌张，应及时与用人单位和学校沟通，寻求解决方案。
• 如果无法通过协商解决，可考虑通过法律途径维护自己的权益。

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