取保候审期间停发工资，结束后是否补发，这主要取决于员工的劳动关系状态、是否被判定有罪以及单位的具体规定和劳动合同约定。以下是对这一问题的详细分析：
国家机关和事业单位工作人员
- 未被追究刑事责任：若员工最终被认定无罪或被决定不起诉，取保候审期间停发的工资应当补发。因为员工并未构成犯罪，不应影响其正常的工资待遇。例如，某国家机关工作人员经侦查和审查起诉后，检察院作出不起诉决定，则该工作人员在取保候审期间停发的工资应补发。
- 被追究刑事责任：若员工最终被判处刑罚，如管制、拘役、有期徒刑等，根据相关规定，在被采取强制措施期间及服刑期间，工资待遇会有不同处理方式，一般不会补发取保候审期间工资。若被判处有期徒刑并被开除公职，自判决生效之日起停发工资，且取保候审期间工资不予补发。
企业员工
- 劳动合同有约定：若劳动合同中明确约定了取保候审期间工资支付方式，则按照约定执行。例如，双方约定在被司法机关采取强制措施期间工资按当地最低工资标准发放，即按此约定处理。
- 劳动合同无约定：
- 若员工被取保候审但最终未被追究刑事责任，企业通常应恢复其工作并补发工资，因为员工未因犯罪行为丧失获取劳动报酬的权利。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第六项规定，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。所以若员工最终被追究刑事责任，企业有权依据此条款解除劳动合同，且无需补发取保候审期间工资。
特殊情况下的工资处理
- 对于国家机关和事业单位工作人员，取保候审期间可能停发原工资，改按一定标准计发生活费。具体标准因地区和单位性质而异。若最终证明无罪，单位应补发被扣除的工资；若受到行政或刑事处罚，补发工资时可能会考虑这些因素。
- 对于企业职工，若取保候审期间与单位暂时停止履行劳动合同，单位不承担工资发放义务。但若职工提供了劳动义务，单位应至少发放最低工资待遇。取保候审结束后，若职工与单位仍保持劳动关系且未被判定有罪，单位应补发被扣发的工资。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》规定了工资应按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠，这为取保候审结束后工资补发提供了法律基础。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定了用人单位可解除劳动合同的情形，其中第六项为劳动者被依法追究刑事责任的。在取保候审期间及结束后，双方应遵守相关法律法规和劳动合同约定处理工资事宜。
建议：
- 若您面临取保候审期间工资停发的问题，首先应查阅您的劳动合同和公司规章制度，了解自身权益。
- 若您认为自己的权益受到侵害，可以收集相关证据，如工资条、劳动合同、取保候审决定书等，以便在必要时维护自己的合法权益。
- 如有必要，您可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。