企业保安对员工进行罚款是不合法的。以下是对这一问题的详细分析：

首先，我们需要明确罚款的性质与实施主体。罚款在法律上属于行政处罚的一种，它必须由具有行政处罚权的行政机关，或者法律、法规明确授权的具有管理公共事务职能的组织，在它们的法定职权范围内来实施。工厂保安，作为企业为了维护内部秩序和安全而聘请的人员，他们并不具备行政机关的身份，也没有获得法律、法规的授权，因此，他们并不具备实施行政处罚，包括罚款的主体资格。

其次，我们来看工厂规章制度的效力。即使工厂的规章制度中明确规定了罚款的相关内容，这种规定在法律上也是无效的。因为企业并没有立法权，它们不能通过内部的规章制度来设定罚款这一行政处罚措施。工厂在处理员工的违规行为时，应该通过合法途径，比如报请相关部门处理，或者按照公司规章制度进行内部处分，如警告、记过等，但绝对不能直接对员工进行罚款。

再者，从员工权益保护的角度来看，如果员工的行为确实给工厂造成了实际的经济损失，工厂可以依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，要求员工承担相应的赔偿责任。但这里需要明确的是，赔偿与罚款是两个完全不同的概念。赔偿是以弥补实际损失为目的，而且必须遵循合理的程序和范围，而罚款则是一种行政处罚，两者不能混为一谈。

最后，如果员工遇到了工厂保安擅自罚款的情况，他们有权拒绝缴纳罚款，并向工厂的管理层反映这一问题，以维护自己的合法权益。如果问题得不到解决，员工还可以向劳动监察部门或其他相关部门进行投诉举报，寻求更进一步的帮助和支持。

综上所述，企业保安对员工进行罚款是不合法的。工厂在处理员工的违规行为时，应该遵循法律法规的规定，通过合法途径进行，并确保员工的合法权益得到充分的保护。