结论：合同专用章在特定情况下可以用于盖结清证明，但需根据具体情况判断其法律效力及潜在风险。以下从多个角度进行分析：

1. 合同专用章的法律效力

• 专用性：合同专用章是专门用于签订合同的印章，其法律效力通常限于合同签订、履行、变更、解除等与合同直接相关的行为。
• 结清证明的性质：结清证明是证明双方债权债务关系已消灭的书面文件，本质上属于合同履行完毕后的确认文件。若结清证明内容与原合同直接相关（如货款结清、服务完成等），且双方无异议，使用合同专用章盖章在形式上具有合理性。

2. 使用合同专用章盖结清证明的合法性

• 无明确禁止性规定：我国法律未明确禁止使用合同专用章盖章结清证明，只要双方意思表示真实、内容合法，通常具有法律效力。
• 潜在风险：若结清证明内容涉及非合同事项（如赔偿、违约金等），或双方对结清证明内容存在争议，使用合同专用章可能因“超出印章使用范围”被质疑其效力。此时，建议使用公司公章或财务专用章，以增强证明力。

3. 实务建议

• 明确印章用途：在盖章前，双方应明确结清证明的性质及印章用途，避免因印章使用不当引发纠纷。
• 完善证明内容：结清证明应详细列明结清事项、金额、时间等关键信息，并由双方签字或盖章确认。若涉及复杂事项，建议附相关凭证（如发票、付款记录等）。
• 选择合适印章：若结清证明仅涉及合同履行完毕的确认，且双方无争议，可使用合同专用章；若涉及其他事项或存在争议，建议使用公司公章或财务专用章。

4. 法律后果

• 有效情形：若结清证明内容合法、双方无异议，且印章使用符合公司内部规定，通常具有法律效力，可作为债权债务消灭的凭证。
• 无效情形：若结清证明内容违法（如虚假结清）、双方存在争议，或印章使用超出公司授权范围，可能被认定为无效，双方仍需承担相应法律责任。

总结：合同专用章能否用于盖结清证明，需结合具体情况判断。在实务中，建议根据结清证明的内容、双方争议情况及公司内部规定，选择合适的印章，并完善证明内容，以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。