结论：在注册商标过程中发现已被他人使用，机构是否应退费需视具体情况而定，包括合同条款、机构服务内容及过错情况等因素。以下从不同角度详细分析：
一、合同条款角度
合同中有明确约定：
- 若您与商标注册机构签订的合同中明确约定，在注册过程中若发现商标已被他人使用，机构应退还全部或部分费用，那么机构应当按照合同约定履行退费义务。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若机构不履行合同约定的退费义务，您有权通过法律途径要求其承担违约责任。
合同中无明确约定：
- 若合同中未对商标已被他人使用的情况作出明确约定，那么是否退费将取决于机构的服务内容、过错情况以及公平原则等因素。
二、机构服务内容角度
机构未履行基本查询义务：
- 商标注册机构在接受委托后，通常应进行基本的商标查询，以评估商标注册的可能性。若机构未履行这一基本义务，导致您在不知情的情况下申请了已被他人使用的商标，那么机构可能存在一定的过错。
- 建议：在此情况下，您可以与机构协商退费事宜，若协商无果，可考虑通过法律途径解决。
机构已履行查询义务但结果不准确：
- 若机构已进行了商标查询，但由于查询系统的局限性或数据更新不及时等原因，导致查询结果不准确，那么机构可能不承担主要过错责任。
- 建议：在此情况下，您可与机构协商部分退费或要求机构提供其他补偿措施，如协助您重新选择商标、提供法律咨询等。
三、过错情况角度
机构存在故意或重大过失：
- 若机构在商标注册过程中存在故意隐瞒、误导或重大过失等行为，导致您遭受损失，那么机构应承担相应的赔偿责任，包括退还已收取的费用。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
机构无过错或过错轻微：
- 若机构在商标注册过程中已尽到合理的注意义务，且过错轻微或无过错，那么是否退费将取决于双方的协商结果和公平原则。
- 建议：在此情况下，您可与机构友好协商，寻求双方都能接受的解决方案。
四、实际操作建议
- 审查合同条款：首先，仔细审查您与商标注册机构签订的合同，了解其中关于退费、违约责任等条款的约定。
- 与机构协商：在了解合同条款后，与机构进行友好协商，表达您的诉求和理由，寻求双方都能接受的解决方案。
- 寻求法律援助：若协商无果，且您认为机构存在过错或违约行为，可考虑寻求法律援助或咨询专业律师，以维护您的合法权益。
最后，商标注册过程中遇到已被他人使用的情况确实令人困扰，但具体是否退费需根据合同条款、机构服务内容及过错情况等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。