被代理人可以采取以下措施维权，我将从法律途径、证据收集、协商调解等多个角度为你详细说明：
- 法律途径
- 提起商标异议或无效宣告：如果商标代理机构注册的商标还在公告期，被代理人可以依据《商标法》第三十三条，在公告之日起三个月内，向商标局提出异议，主张该商标注册行为违反了《商标法》第十九条第四款“商标代理机构除对其代理服务申请商标注册外，不得申请注册其他商标”的规定，请求不予注册。如果商标已经注册成功，被代理人可以在商标注册之日起五年内，依据《商标法》第四十四条，向商标评审委员会申请宣告该注册商标无效。
- 提起民事诉讼：被代理人还可以以商标代理机构侵犯其合法权益为由，向人民法院提起民事诉讼。在诉讼中，被代理人可以主张商标代理机构的行为构成不正当竞争，要求其停止侵权行为、赔偿损失等。根据《反不正当竞争法》第六条，经营者不得实施混淆行为，引人误认为是他人商品或者与他人存在特定联系。商标代理机构以自己的名义注册被代理人的商标，可能导致消费者对商品或服务的来源产生混淆，构成不正当竞争。
- 证据收集
- 证明代理关系：被代理人需要收集能够证明与商标代理机构之间存在代理关系的证据，如代理合同、委托书、沟通记录等。这些证据可以明确双方的权利义务关系，证明商标代理机构有义务为被代理人申请商标注册，而不是以自己的名义注册。
- 证明商标使用情况：如果被代理人已经在相关商品或服务上使用了该商标，还需要收集商标使用证据，如产品包装、宣传资料、销售合同等。这些证据可以证明被代理人对该商标享有在先权利，商标代理机构的注册行为侵犯了其合法权益。
- 证明商标代理机构的恶意：为了增加维权的成功率，被代理人可以收集商标代理机构存在恶意的证据，如商标代理机构明知被代理人的商标具有较高知名度，仍然以自己的名义注册；或者商标代理机构与被代理人存在竞争关系，通过注册商标来排挤被代理人等。
- 协商调解
- 与商标代理机构直接协商：在发现商标代理机构以自己的名义注册商标后，被代理人可以首先尝试与商标代理机构进行直接协商，要求其停止侵权行为，将商标转让给被代理人或者注销该商标。协商过程中，被代理人可以出示收集到的证据，以增加协商的筹码。
- 通过行业协会或调解机构调解：如果直接协商无法解决问题，被代理人可以寻求行业协会或相关调解机构的帮助，通过调解的方式解决纠纷。行业协会或调解机构具有中立性和专业性，能够为双方提供一个公平、公正的调解平台，促进纠纷的妥善解决。
在维权过程中，被代理人需要注意及时采取行动，避免因拖延时间而导致商标被商标代理机构进一步使用或转让，增加维权的难度和成本。如果你在维权过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询。