《城乡规划法》确实适用于针对村民乱占耕地建房的行为，但具体适用情况需结合土地管理相关法律综合判断，以下是详细分析：

1. 《城乡规划法》的适用范围
   根据《城乡规划法》第二条，该法适用于城市、镇规划区内的建设活动，以及乡、村庄规划区内的建设活动。若村民在乡、村庄规划区内乱占耕地建房，且未取得乡村建设规划许可证，则直接违反该法第四十一条（需经审批方可建设）及第六十五条（乡镇政府有权责令停止建设、限期改正，逾期不改正可拆除）。

2. 耕地保护的特殊规定
   若建房行为涉及占用永久基本农田或未依法办理农用地转用审批手续，则需同时适用《土地管理法》第七十七条（未经批准非法占用土地建房，由县级以上政府自然资源主管部门责令退还土地、限期拆除）。此时，行为可能同时构成“违反城乡规划”和“非法占用农用地”的双重违法。

3. 法律衔接与处罚原则

   • 规划违法与土地违法的竞合：若建房行为既违反城乡规划（如未取得规划许可），又违反土地管理（如未办理农用地转用审批），行政机关可依据《行政处罚法》第二十九条，选择适用处罚较重的规定（通常土地违法处罚更重，可能涉及耕地保护红线）。
     
   • 强制执行程序：根据《城乡规划法》第六十八条，若村民拒不停止建设，乡镇政府可采取查封施工现场、强制拆除等措施；若涉及土地违法，自然资源主管部门可申请法院强制执行。

4. 实务建议

   • 村民端：建房前务必确认土地性质（是否为耕地、是否在规划区内），并依法办理乡村建设规划许可证及农用地转用审批手续。
     
   • 行政机关端：查处时需区分规划违法与土地违法，避免程序瑕疵（如未依法立案、未告知救济权利等），否则可能引发行政诉讼。

若您遇到具体案件（如房屋已被认定为违建、收到限期拆除通知等），可进一步提供细节，我将结合《行政强制法》《行政处罚法》等规定，为您分析行政机关程序的合法性及应对策略。