结论：针对公司未明确减工资却被扣除的情况，撰写书面申请时，应明确表达诉求、陈述事实与理由，并附上相关证据。以下是一份书面申请的示例及详细撰写指南。

书面申请示例：

关于要求补发被扣除工资的申请

尊敬的[公司名称/人力资源部负责人]：

本人[您的姓名]，系[公司部门]员工，工号[您的工号]。近期，本人发现工资条中显示被扣除了一定金额的工资，但公司并未事先明确告知减工资的原因及依据，也未与本人进行任何形式的沟通或协商。

根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规的规定，用人单位在调整员工工资时，应当与员工协商一致，并签订书面协议。公司未经本人同意，擅自扣除工资的行为，已严重侵犯了本人的合法权益。

因此，本人特向公司提出如下申请：

1. 请公司立即补发被扣除的工资，共计[具体金额]元；
2. 请公司明确告知减工资的原因及依据，并出示相关证明材料；
3. 请公司承诺今后在调整员工工资时，将严格遵守法律法规的规定，与员工进行充分沟通并协商一致。

本人保留通过法律途径维护自身合法权益的权利。希望公司能够重视此事，并尽快给予答复。

此致 敬礼！

申请人：[您的姓名] 联系电话：[您的联系电话] 申请日期：[具体日期]

撰写指南：

1. 明确诉求：在申请中，应直接、明确地表达你的诉求，即要求公司补发被扣除的工资，并明确告知减工资的原因及依据。

2. 陈述事实与理由：详细陈述你发现工资被扣除的情况，以及公司未事先告知减工资的原因及依据的事实。同时，引用相关法律法规的规定，说明公司擅自扣除工资的行为已侵犯了你的合法权益。

3. 附上相关证据：如果可能的话，附上工资条、银行流水等证明工资被扣除的证据，以及公司未事先告知减工资的相关证据（如邮件、短信等）。这些证据将有助于支持你的诉求。

4. 保持冷静与理性：在撰写申请时，应保持冷静与理性，避免使用过激或情绪化的语言。以事实为依据，以法律为准绳，表达你的合理诉求。

5. 保留法律途径：在申请中，可以明确表示你保留通过法律途径维护自身合法权益的权利。这将对公司形成一定的压力，促使其尽快解决你的问题。

后续建议：

• 如果公司收到申请后仍未给予答复或拒绝补发工资，你可以考虑向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，建议保留好所有相关证据和沟通记录，以备不时之需。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。