在洗车店清洗运输生猪的车辆是否违法，需分情况讨论：
若清洗行为符合动物防疫和环保要求：
- 不违法：如果洗车店在清洗运输生猪的车辆时，严格遵守了动物防疫和环保的相关规定，比如使用了符合标准的消毒剂、废水处理得当、没有造成环境污染或动物疫病传播的风险，那么这种清洗行为是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定，运输动物及动物产品需要遵守动物防疫的规定，包括运输工具的清洗、消毒等。只要洗车店的操作符合这些规定，就不构成违法。
若清洗行为违反动物防疫或环保要求：
- 可能违法：如果洗车店在清洗过程中未采取必要的防疫措施，如未使用消毒剂、废水直接排放导致环境污染，或者清洗后车辆仍携带动物疫病病原体，那么这种行为可能违反动物防疫法或环保法。
- 法律后果：根据违法情节的严重程度，洗车店可能面临警告、罚款、停业整顿等行政处罚。如果因清洗行为导致动物疫病传播或环境污染事故，还可能承担刑事责任。
额外建议：
- 了解当地规定：不同地区可能对运输生猪车辆的清洗有具体的规定或标准，建议洗车店在操作前咨询当地动物卫生监督机构或环保部门，确保清洗行为符合当地要求。
- 加强员工培训：洗车店应加强对员工的培训，确保他们了解并遵守动物防疫和环保的相关规定，避免因操作不当而违法。
总结：在洗车店清洗运输生猪的车辆是否违法，关键在于清洗行为是否符合动物防疫和环保的要求。如果符合，则不违法；如果不符合，则可能面临法律后果。因此，洗车店在操作前应充分了解并遵守相关规定，确保清洗行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。